mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCTGTCCCTGAATAACG ATATCCAGGGTCAGAGAGGAGG TTTCAGTAATTCCACTGGCTTCCCTCTGTCCCTGAATAACGGTAGTCTAACCTTTCTCTGGTGAAGAAGAGAAACGTGAGACTAACGATATCCAGGGTCAGAGAGGAGGTGGCGGCATCAAGTGGA TTTCAGTAATTCCACTGGCTTCCCTCTGTCCCTGAATAACGGTAGTCTAACCTTTCTCTGGTGAAGAAGAGAAACGTGAGACTAACGATATCCAGGGTCAGAGAGGAGGTGGCGGCATCAAGTGGAAATATGGGAAGTATTCCTACGCTGTTGATTTGAGCTTTGACCACGTTCCATTTCGTAAGTGTTCCTTCTTTGGGCTAGCTTCCGAGGGAACAAGTTTTCAGTTTCACGAACTCCACGAGGATTAATCTCATCATGTCTCAAATGGACAAACAATATTTTGTACATTGAGACCCAACATCACTTGTTTTTATTGTTGTTAGTAGTGTGAATTTCGTGTTCTCAATTTGGATAGTTATGGTTTCTAACTTATGTATTAGATCATTTTGACAAGCAGCACAGAGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGT 3 1 5' arm Nicotiana_tabacum mirnest 100 100 -47.7 ..........((((((.(((((((((((.(((((.(((.((.((((((.((.(((((((........))))))).)).)))))).)).))).))))).))))).)))......)))....)))))) (-47.7)