mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTCCGTTCCAATTT ATTGAAACGGAGGGAGTATCA AGCTAAAACTGCTACTCCCTCCGTTCCAATTTATATGAACTTGTTTGACTGGGAACGGAGTTTAAGAAAAAATAAAGACTTTTAGAATTGGTGATCCTAAAGAAATAAAAAATGGGTTTAAAGTATTTGTGTGGTTATAATAGCTTTTCATTAAGGGTAAAATTGTAAGTTTACACTAAATTGTTTCGAAATTTAGAAAGAGGTCATACCTTTTTGCAACGGACCAAAAAGAAAATAGGTTCACACATATTGAAACGGAGGGAGTATCAGGTAATTT CATGCGGCCGCTCAAAAACTATCTACCAAAAAGCAAACATATATTTGAAAATAAAATTTGACAAAACAAATCCAAATTTTATGGCCAAACGGGAGCTAAAACTGCTACTCCCTCCGTTCCAATTTATATGAACTTGTTTGACTGGGAACGGAGTTTAAGAAAAAATAAAGACTTTTAGAATTGGTGATCCTAAAGAAATAAAAAATGGGTTTAAAGTATTTGTGTGGTTATAATAGCTTTTCATTAAGGGTAAAATTGTAAGTTTACACTAAATTGTTTCGAAATTTAGAAAGAGGTCATACCTTTTTGCAACGGACCAAAAAGAAAATAGGTTCACACATATTGAAACGGAGGGAGTATCAGGTAATTTGAAAGTTATTTAGCTTGTAATCATTGGCAGTGAAACTTCTTTCTTTTGTTGGAGTATTAGGTCCATAATTTTTTTTCCCTTTTTTTTTGTATTTTTTTTCTTTTAAAATGTGTTTGTCCATGAATTTTCGAAAGTTTTTGAAAATTTTTCGAAAATGA 4 0 5' arm Nicotiana_tabacum mirnest MIR1122 0.0003 100 -61.8 ........(((.(((((((((((((.((((.....(((((((((((..((.((..((((((((..((((.((((((.(((((.((.(((.((..((.....)).))....)))...)).))))).)))(((((((((((((.((((((....))))))...)))))))..))))))...))).)))).))))))..((((((((...))))))))....))..))....)).))))))))))).....)))).))))))))))))).)))....... (-61.8)