mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGTGGTGACTCAGCCAGTTC ACTATTGATTTTGCCAATGAC AGGAGTTTTGGAACTATTGATTTTGCCAATGACAAACCTCTGCGGGTGCGGTGGTGACTCAGCCAGTTCTAGACACGC CGGTCCGGATTCCCGGGATTTTCTTGATTCTTCAATCATCGAAAACCCCAGAAACATAATTCCCTTAAAAACCAATTCTTGAACCCAAATACTAGAGCTTCTGGTAATTCCTTTTGTTTTTTCATCTTCTTTGGTTGCTGCAGAAGAAGAAAAAGCAAATCTTGTTTTTTTCCCCCTTCAGAAAAATGGATAATAAGCTCTTAACAAGTTTGGTGTTTTCATCAATCTTGTTAACTCTCTTCACTTCTACTTATGCTCAAAACTGCTCAAGTCATCTATTCAGAAACAACAATATTTTTGCAACTTGCAACCCTCTCCCTGTTCTCAACTGTTTCCTACACTGGACTTACCACTCTGCAAACCACACAGTAGATCTTGCTTATAGACATGGTGGTGTCACAGATTCTGATTGGGTTGCTTGGGCTTTGAATATTGGAGGATCACGTATGTTAGGAGCTCAGTGTTTGGTTGCTTTTAGAAATTCAAGTGGACAAATTCATGCCTATACTTCACCTATTTCCCCTTCTAGCTACCAGACACAGCTGAGAGAAGCTCCCTTGAGCTTTAGAGTGCCTAGAATTGCAGCAGAGTTTACAAATAATGAGATGATCATATTTGCAACTTTGGAGCTTCCTAGTGGGAGTAGTACTAGTTTTAATCACGTTTGGCAAAATGGTCAAGTTTCTGGTCAGAGTTTGGTAATTCATCGTCAGAGTGGGGATAACATGAGGAGTTTTGGAACTATTGATTTTGCCAATGACAAACCTCTGCGGGTGCGGTGGTGACTCAGCCAGTTCTAGACACGCCGAGAATACACATGGAGTGCTGATGCATTAGTTGGGGAGTATGATGCATGGTGCTGTATTGCAGTACTGAAAGTGTCAGTCAGCAATCAGCTGTTTACTAATGTGCTGCAACTTGCTTATGCTGTG 3 2 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest 100 100 -20.7 ....(((((((((((.((((..((((((.((....((((....)))).)).)))))).))))..))))))))).)).. (-20.7)