mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGTGAGTACT TTTACTCCCTCTATCCAAAAATA AAATACACTGTAAAAAAGTTTACTCCCTCTATCCAAAAATACATGAAATTTTTCGCTTCTCGAGATTCAACTATATGAAATTTGACCAACATTTTAACAAGTATTTTTTAAACTATATTGATATTAGAGTAATAGCAAATTATATTACTTTTCTTATATTTTTTGAATATCTAAACTTTAATTAAAATATTGAATTAACTTAGTCCAATTTAGCTTTAAAAATTAGTCAAAACTTTCGAAAAAGTAAAACGTAACAAGTATTTTGGGACAGAGTGAGTACTTTCTTTTCTTGTTCAA ATGGAAATTTTTTTGTAGTACCGTGAATAACCAAGATTTCATATCAATATGATTGATAAATCAGTTATTCAAGCATCACTGACAACAAAACATAAACAAAATACACTGTAAAAAAGTTTACTCCCTCTATCCAAAAATACATGAAATTTTTCGCTTCTCGAGATTCAACTATATGAAATTTGACCAACATTTTAACAAGTATTTTTTAAACTATATTGATATTAGAGTAATAGCAAATTATATTACTTTTCTTATATTTTTTGAATATCTAAACTTTAATTAAAATATTGAATTAACTTAGTCCAATTTAGCTTTAAAAATTAGTCAAAACTTTCGAAAAAGTAAAACGTAACAAGTATTTTGGGACAGAGTGAGTACTTTCTTTTCTTGTTCAAGG 3 2 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest 100 100 -46.7 ....(((....((.(((((..((((.((((.(((.(((((((.((..((.(((.((((.((((((((((......)))).((((((.((..((((((..(((.........((((..(((((...(((((((((........)))))))))((..((((((((((((.........)))))..))))))).)))))))..))))........))))))))).)).))))))..))))))..)))).))).))..)).))))))).))).)))).))))))))).))....))).... (-46.7)