mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTACTCCCTCCGATCCTAAA TAGGATCAGAGGGAGTGGTAT TTTGAAATACTAGTACTCCCTCCGATCCTAAATAAATGTCGCAGTTTTGAACTAACTCTATTTAGGATCAGAGGGAGTGGTATTTTTGTGT TGGACCTCGAAGTGCCCCTACAAGGACCTTGCTCCAGCACCAGATGCTCTTGACATGCCTCCTACTTCGGATGGACCTCCAGCACTGGGTGGTGGTGGTGCTGCCAAGGGATCATATGTTCCTCCGAGGTTGAGGGCTGGCGCAGTGCAAGATGCTGGACATGACATGAGGCGCAGGAACGATGAGAACTCTGTCCGTGTTACCAATCTATCAGAGGACACCCGTGAGCCTGATGTGCTTGAGCTGTTCCGCACATTTGGGCCGGTCAGCCGTGTCTATGTTGCGGTGGATCAGAAGACTGGATCAAGCAGGGGCTTTGGCTTCGTCAACTTTGTCCACAGGGAGGATGCTGAGAAGGCTATCAGCAAGCTCAATGGGTATGGTTATGATAACCTTATCCTCCATGTGGAGTGGGCAACACCCAGGCCTAGTTAGCTTGTCGATTTCCCTTAAAGTGTTCTATCAGTGCGGACTTTGAAATACTAGTACTCCCTCCGATCCTAAATAAATGTCGCAGTTTTGAACTAACTCTATTTAGGATCAGAGGGAGTGGTATTTTTGTGTTTATGAACTTGTGTTGTGTTTTGGCTGGTTGAGAATAACTATACTGTGCTGCTA 4 0 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 1.0E-6 bdi-MIR5180a 2.0E-8 -33.5 ...((((((((...((((((((.(((((((((((...((...((((...)))).))..))))))))))).))))))))))))))))..... (-33.5)