mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGATGATGCTGCAGCGGCCG GTTGCTCGGCAGTAGGAGGG GGAGTCGTAGTTGGTTGCTCGGCAGTAGGAGGGTATTCGGATACAGAGTGGTAGTGGTAGAGAATCCTGATGATGCTGCAGCGGCCGCATGAGGGGA TGCGGCCGCTAGAATGGTCAAGTTTAATAGCTATATTTGAAGTAAGTCTTTCAAGTTTATTATACCATCCTATACACCATCATGTGCTATACAATCTACACTTGGTGCTGCTATAGGTATGATGCACACAATCGAAACAGAATTTCACACTTCATTGACAGACTTTATACCTGCTGCCAACTGAATGAGGATGTATTCCCACTTCTTTAGGTTGTTGTTACAGTTCCTCTTAACTAATGTTAAGGGTGACGGGAGGGTGTTGGAAAGTCGAGTTTGTGGGGAGTCGTAGTTGGTTGCTCGGCAGTAGGAGGGTATTCGGATACAGAGTGGTAGTGGTAGAGAATCCTGATGATGCTGCAGCGGCCGCATGAGGGGATCCTCTAGAGTCGACGGCATGCCCTGCTTTAATGAGATATGCGAGACGCCTATGATCGCATGATATTTGCTTTCAATTCTGTTGTGCACGTTGTAAAAAACCTGAGCATGTGTAGCTCAGATCCTTACCGCCGGTTT 3 1 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest mir-172 0.00008 bdi-MIR172d 0.000005 -28.2 ....((((...(((((((((((((.((..(((((.(((...(((.........)))...))).)))))..)).))))).)))))))).))))..... (-28.2)