mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCCTGATGATGCTGCAG CGGCAGTAGGAGGGTATTCG GTGTTGGAAAGTCGAGTTTGTGGGGAGTCGTAGTTGGTTGCTCGGCAGTAGGAGGGTATTCGGATACAGAGTGGTAGTGGTAGAGAATCCTGATGATGCTGCAGCGGCCGCATGAGGGGATCCTCTAGAGTCGACGGCATGCC TGCGGCCGCTAGAATGGTCAAGTTTAATAGCTATATTTGAAGTAAGTCTTTCAAGTTTATTATACCATCCTATACACCATCATGTGCTATACAATCTACACTTGGTGCTGCTATAGGTATGATGCACACAATCGAAACAGAATTTCACACTTCATTGACAGACTTTATACCTGCTGCCAACTGAATGAGGATGTATTCCCACTTCTTTAGGTTGTTGTTACAGTTCCTCTTAACTAATGTTAAGGGTGACGGGAGGGTGTTGGAAAGTCGAGTTTGTGGGGAGTCGTAGTTGGTTGCTCGGCAGTAGGAGGGTATTCGGATACAGAGTGGTAGTGGTAGAGAATCCTGATGATGCTGCAGCGGCCGCATGAGGGGATCCTCTAGAGTCGACGGCATGCCCTGCTTTAATGAGATATGCGAGACGCCTATGATCGCATGATATTTGCTTTCAATTCTGTTGTGCACGTTGTAAAAAACCTGAGCATGTGTAGCTCAGATCCTTACCGCCGGTTT 4 1 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest mir-172 0.0001 bdi-MIR172d 0.000007 -43.3 ..........(((((.((((.(((((.((.((..(((((((((((((.((..(((((.(((...(((.........)))...))).)))))..)).))))).))))))))..))...)).))))))))).)))))........ (-43.3)