mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGCGCCAATATCACT CGATGTTGGTGAGGTTCAATC GTAGTTATTATATTAAGAGAAGCGATGTTGGTGAGGTTCAATCCGAAGACGAGTTTACGTTTTGTTTTCGTAAAGAACGATCTCAGATTGAGCCGCGCCAATATCACTTCCTTTTTATCAATTAAGC GCTGGCATACATTAATAGTACCTTAGCTTGAAATGCATTATTCGCCTGACGGACCCAAAGGGCACGGCTAAATTCAAGACGAGCACGAGCATAGTAAAGGTGAGTAGTTATTATATTAAGAGAAGCGATGTTGGTGAGGTTCAATCCGAAGACGAGTTTACGTTTTGTTTTCGTAAAGAACGATCTCAGATTGAGCCGCGCCAATATCACTTCCTTTTTATCAATTAAGCAGATACTTGTGCATAAATTGATTACTGGCGATTATTAGCTTTGTTTCTGTTCATTAGTTATTACAAAAGAAAGAAACTCGTAGTATGTATGTCCTAACTGTTTGATTAAACCATTTAACTTTTAGCCAAATATCACTTTCGGTCCATATTATATTTTTTGCCAAATTAAACTCTATAGCTTCCATATTATTTGGCTTTCAAGATTTTTACACGCCTTTCCATTTTATCTGTACTTTATGATTCTTACACATCCCTTTAAGAAATATGTCTAAT 2 0 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest MIR171_1 4e-32 sly-MIR171d 2e-33 -36.6 .(((((...(((..(((.((((.((((((((((.(((((((((.((.((((((.......)))))).((((.....))))..)).))))))))).)))))))))).)))))))..))).)))))... (-36.6)