mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCTT GAGAGCTTCCTTCACCCACTC GTGCATTAAGGAATGGTCTAAGAGAGCTTCCTTCACCCACTCATGGAGGAGAACTGGGGTTGAATTAGCTGCCGCCTCATTCATCCAACCACTCAGTAGAAAGGAATAGGTTTTGTGCTACTGTGATTGAGTGAATGATGCGGGAGATAGTTTTCTATTCCTCTCTTTCCTTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTTTTTCCATTTTCTTCATT ATATTAGTTGTGTGAAAAGTTGATGTTGGTAGATCAAGTTCTTTTATTTAAGCCTCTTCAGCTTATGTATTCTATGTAAGATTTGGTGAATGCTGCTATTCAGTCGAAGAACTTGGTTATTACTGGACTTGTAAAAGTTTTGTGCATTAAGGAATGGTCTAAGAGAGCTTCCTTCACCCACTCATGGAGGAGAACTGGGGTTGAATTAGCTGCCGCCTCATTCATCCAACCACTCAGTAGAAAGGAATAGGTTTTGTGCTACTGTGATTGAGTGAATGATGCGGGAGATAGTTTTCTATTCCTCTCTTTCCTTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTTTTTCCATTTTCTTCATTTTCATCTCTTCTTATAGCCTTGTACTAATTTTCAAACAATGAAAACCTAATTTTCAGAAGAGCTCTCTCATTCCCGTCTTCCCTCGGGACAAG 2 2 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest MIR159 2e-19 ptc-MIR319f 1e-20 -71.3 .........(((((((...(((.((((((((((((.(((..((.((((((((...(((((.((((((.((.((((.((((((((.(((.(((..(((((..((((.....))))...)))))))).))).)))))))).)))).)).))))))...)))))))))))))..))..)))..)))))))))))))))....)))))))....... (-71.3)