mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCA GAGGCAGCGGTTCATCGATC TTTTGGTTGGTTAAGGACACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCCTGAAAGGCGATAAACAAAATATAGCAACAGGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTTAACCCCCTTCTCT GTTAAGTACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATGCATGACAGTTCATCAATGGCAGCTCTGCAGTCTGGCACTGGGGTTTATCTTCTTCCTCTATCTTAAATCTAGATTAATGTTGCGATAGATTCCTGCAGTTTTCTGTGTATAAAAAAATATACTATTAAATTCATAATATTTATGCTTGGGAAGTCAATGAATTTGGATGCCTGTGTTTATGCAAATTATTTGGTAGATATCATTGATTTGTGTTTATGGAGGTTAGATCTATGTGATATGTCTCAAACTGAGAGCGGGATGCTGTTGATTTTTTTTTGGGGGGGTCTTTTTTTGGTTGGTTAAGGACACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCCTGAAAGGCGATAAACAAAATATAGCAACAGGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTTAACCCCCTTCTCTCTCATATTGTTTTACCTTTTTCTTCTCTTTAATTTTTTCAATTAATTGTTAGCGCAGTTCATGATATG 3 0 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest MIR162_2 0.000000007 mtr-MIR162 0.000000000007 -41.2 ....((..(((((((....(((((.((((.((((.(((((((.(((((.((....((.(((.......))).))..))))))).))))))).)))).)))).)))))..))))))).))...... (-41.2)