mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTT GTCCAAGAAAGCTGTGGGAAA GATGAAGTCCTAGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTCTAGCTGAATTTTGATCTCTCTTTAGGCAATTGTGGATAGTTTTAATTTGAGAGATGAGATTTAAAGCTCTGAAAGTCCAAGAAAGCTGTGGGAAAATATGGCAATCTTAGGAC GGAAGGTGAAAAAGTTGTTTACGATAGCGCTCCGCTCAATTCTGATGAAGTCCTAGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTCTAGCTGAATTTTGATCTCTCTTTAGGCAATTGTGGATAGTTTTAATTTGAGAGATGAGATTTAAAGCTCTGAAAGTCCAAGAAAGCTGTGGGAAAATATGGCAATCTTAGGACTTTTTTTTACCATTTGGAGTTCAAGAGATCTGCATTTTTAAGGTAAATTCTTGAAAAATGTCTTAGAGGAGTAGTAGTTTTCATTTTTTTTCCTCTTTAAATTGCTCATGAGTTACATAACTCCATAATTTGGCATACTTTATGTGAATTCTCTGAGTATTTATAAAACTTATCTATAGAAAATTCAAATTTAGAGAAGAATTATGGTTTTTAATTATATTTTTATGATTAAGTATGAAAAACTAGATCCACATTTTGGAAAGGAGAAAATTCTGGATTTTCTCATTTTCTACATTCATATATCTTTAATGGGATTTGATTT 1 0 5' arm Nicotiana_tabacum mirnest MIR396 0.00000000001 gma-MIR396b 0.00000000000004 -56.6 ......((((((((((((.((((((((((((((((((.((((..((.((((.((.(((.(((((((...((((.(((...))).))))......))))))).))).))..))))..)))))).)))))))))))))))))).)))))).....)))))) (-56.6)