mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATCATGCGATCTCTTCGGAT CCAAAGGGATCGCATTGATCCT GGTGGAGTATTCCAAAGGGATCGCATTGATCCTGTGTCCCAATTTGAGTCCAATGGGATCATGCGATCTCTTCGGATTTCTCCAT TGCGGCCGCTAACACACAAAAATTGCATGAACAGTAACATTCAAACAAAAGGGTTGCACGAGGTTCGTGCATTCTCCTTTGTTTCCAAAAATCCTATAAATATAAAACCTCACCAGATGGAATCATATATCAGTACTCCCACTGAAGTGCCCGATAAATTATAGTTGGCCAGCTTTTAACGTGAATATATATGCAATTTCATAGCGCTGGTGGAGTATTCCAAAGGGATCGCATTGATCCTGTGTCCCAATTTGAGTCCAATGGGATCATGCGATCTCTTCGGATTTCTCCATATTACTGGCTCTAAACCTAAAATCCATGCCCACCATAGTGATCCAGGAGTCCCGTGTAAAGGGCGAGCGTGCACTCTAAGGTCTCGCTCTTCTTCAAGGTTTTCCAGTCAAGTAAAATAAGCTTCAATGTAGTGCTCACCTTCAAATGCCAGCAGGATTTGTTAAAAGAGTGATTAACGATCTCTT 2 1 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest 100 ptc-MIR393d 0.0000003 -37.9 .((((((...(((.((((((((((((.((((((((.................)))))))))))))))))))).)))...)))))) (-37.9)