mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGTAAAGCTCAGGAGGGATA TCCATCCTGAGTTTCATAGCT TGTGGAAATGTGTGGGAGAATCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGATGAATATTATACATGAGCTTAATAACAATATTGCTTGTTTTAACCATCCATAGCGCTATCCATCCTGAGTTTCATAGCTTCTTCATGCTCTCTTTTT GTCCTTTATCTCTACTTTTCTCCTTTCATACAGTATAGTGGAGAATTTTTGGAGTTTTTTTTTCCTTGTGGAAATGTGTGGGAGAATCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGATGAATATTATACATGAGCTTAATAACAATATTGCTTGTTTTAACCATCCATAGCGCTATCCATCCTGAGTTTCATAGCTTCTTCATGCTCTCTTTTTAATGCATACAAAGGCGGATCCATAATTTAATACTCTTGAGTTCAATTTTACAGATTTTTAGCATTAAACACATCATGTTTCATTAATATGCAGCTATTTGTGACAATTTAGTGGATTATTTCGCATCAAAAATATTGAGTTTAGATGAACTCAATGTTGCAACACCGCGTCCACCTTTAATGCATGATGCTACATTATCTCCTTTACTACACTCATTGTGTACTTCAACTTTCAGTTTCTCAGAGTAAATGGTGATTCTGGTTGTCTTTGAAAAAAAAAAAAAAAG 2 0 5' arm Nicotiana_tabacum mirnest MIR390 0.00000000000004 gma-MIR390a 0.000000000000002 -55.5 ...(((...((((((.((((.((((.((((((((((.(((((((((.(((((((....(((...((((((.((.......))..))))))..))).))))))).))))))))).)))))))))).)))).))))))))))..))).... (-55.5)