mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTGGAGGGATTCCTTCCTTG AGGTGATGGTCTTTCCTGTT GCAAAAATGAGACGTTGTTGATCTGGAGGGATTCCTTCCTTGTCCTGAATCTTCTGTTTGACGTTATCGATACTATCAGAGGGCTCGACTTCGAGGTGATGGTCTTTCCTGTTAAAGTCTTCACGAAAATC AGTCTGAAGGTTGTTTTATTGATTTAGTTTTATCCACGTAGACGAAGAACTAAGTGAAGAGTAGACTCCTTTTGGATGTTGTAATCAGATAAAGTTCGTCCATCTTCAAGCTGCTTTCCAGCAAAGATAAGTCGTTGTTGATCTGGTGGAATTCCTTCCTTGTCCTGAATCTTTTGTTTGACGTTATCAATAGAGTCAGAGGGCTCGACTTCCAGAGTGATGGTCTTTCCAGTTAAAGTTTTTACGAAGATTTGCATTCCTCCTCTCAATCTGAGGACTAAATGGAGAGTGGATTCCTTTTGGATGTTATAGTCTGAAAGAGTTCGTCCATCTTCAAGCTGTTTTCCAGCAAAGATAAGTCGTTGTTGGTCAGGGGGAATTCCTTCCTTGTCTTGAATCTTCTGTTTGACGTTATCAATCGAATCAGAAGGTTCAACCTCAAGGGTGATGGTCTTTCCAGTTAAGGTTTTTACGAAGATTTGCATTCCTCCTCTCAACCTAAGAACAAGATGCAAGGTGGATTCTTTCTGAATGTTATAGTCGGATAAGGTTCGTCCATCTTCAAGCTGTTTACCGGCAAAAATGAGACGTTGTTGATCTGGAGGGATTCCTTCCTTGTCCTGAATCTTCTGTTTGACGTTATCGATACTATCAGAGGGCTCGACTTCGAGGTGATGGTCTTTCCTGTTAAAGTCTTCACGAAAATCTGCATACCTCCACGTAAACGAAGAC 5 1 5' arm Avena_barbata mirnest 100 100 -32.7 ........(((((....(((((..(((((((((....(((((...(((.(((((((.((((.....))))......))))))).)))....)))))....))))))))).))))).))))).......... (-32.7)