mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCTTGTATGCCA GCATGCTAAGAACCATGCATT ATATAGATACATGCCTGGCTCCTTGTATGCCATTTGCATTGTTCCATCTATTATTGATGGCCTTTTCAGATGGCATGCTAAGAACCATGCATTCATGTTGA GAGTTTCAGTAGAACCTTGGCTATAGAGAAAATCAAGACAAGTTGTTTGATTCAGTCTAGAGTCTGGAAATCAAGAAAGGTAAGTATCATATGTAAGTAAGTAGCATCTAGAATAGAATTTAAAGCAACTAAGGAAAAAAATCGAGTAACTTGCAGGCCGGTCGTCGTTGCACACTAGCTGATCAGTGAGGGTAAGAGAGTGTTCCGTTGATGTTCTCAGTTTGATTCAGTCTAGAGTCGAAGAATCATGAAAGGTAAGTCGCTTGTTTTCATGATATATAGATACATGCCTGGCTCCTTGTATGCCATTTGCATTGTTCCATCTATTATTGATGGCCTTTTCAGATGGCATGCTAAGAACCATGCATTCATGTTGAGCTTCCAATTCACGCATTTCTCGCATCTTTTTTTGGCTCCCATAATCTTCTTTTAATTATCCTAAC 5 0 5' arm Nicotiana_tabacum mirnest mir-160 0.000001 vvi-MIR160d 0.00000002 -28.9 .....((((.((((.(((.((...((((((((((((.......(((((.......)))))......))))))))))))...)).))).))))...)))).. (-28.9)