mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCTTGTATGCCA GCATGCTAGGAGCCATGCATC ATATAGATACATGCCTGGCTCCTTGTATGCCATTTGCATTGTTCCATCTATAATTGATGGCCTTTTCAGATGGCATGCTAGGAGCCATGCATCCATGTTGA GGTAATAAACTGCCAATTCAAAATATGGTAGTTTTCCAGAGAGAAAAAGTTGATTGGAAAAGAGAGAAAATATGGGTGCCAGTTCAAACTCAATGATCTATAACTTTGCTAGTTTTATCTTTTAGTTATAGCCGCCCCTCCTTTTCTTTTTTCCCTATAAATTCTGTTGCGGAGGACACTTTAGCCTACACATTTTGTAGTAGTTTCAATAGAACCTTGGCTATAGAGAAAATCAAGACAAGTTGTTTGATTCAGTCTAGAGTCTGGAAATCAAGAAAGGTAAGTATCATATGTAAGTAAGTAGCATCTAGAATAGAATTTAAAGCAACTAAGGAAAAAAATCGAGTAACTTGCAGGCCGGTCGTCGTTGCACACTAGCTGATCAGTGAGGGTAAGAGAGTGTTCCGTTGATGTTCTCAGTTTGATTCAGTCTAGAGTCGAAGAATCATGAAAGGTAAGTCGCTTGTTTTCATGATATATAGATACATGCCTGGCTCCTTGTATGCCATTTGCATTGTTCCATCTATAATTGATGGCCTTTTCAGATGGCATGCTAGGAGCCATGCATCCATGTTGAGCTTCAAATCAAGCATTTCTCGCATCTTTTTTTGGCTCCCATAATCTTCTTTTAATTATCCTAACTAGTATAAGATTGAGACATAATTGTTATGGTATAATTTTCATATCGGCAAGTCTTTTCTAGTGATGTACGTGTACGCATGATTTTATGCCAGCAGTGGCCGTTTATTGTCACAATTCAGTTTGCAATTGAGTTTAGGTCTAGAACTATGGCCGTTTTAGGTTTTGCTTTATCTCACAAATTGATATTTATTTTCTATTATTTTCAAGCATTGTATGCCTATTTGTATGTATTCATTTTTAAAAAAATGTAATCTATACTCACATATATATATGAAAAGTTTTTGCNANAAAA 2 0 5' arm Nicotiana_tabacum mirnest mir-160 0.000001 vvi-MIR160d 0.00000002 -40.3 .....((((.((((.((((((((.((((((((((((.......(((((.......)))))......)))))))))))).)))))))).))))...)))).. (-40.3)