mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGATCGAAGGGAGCTCTAA GGAGCTCCTTGAAGTCCAACA TAGGGTTTTGAGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAACAGAGGATCTAACAGGTAAGATTAAGCTGCTGACCTATGGATTCCTCAGTCCTATCTATTATTTGATAGGATAGGTAAGTGGGTAGCATATGTCAGGAGCTACATTACCCTAAGTTGGATCGCTTATTGGATCGAAGGGAGCTCTAAATTCATTAGAAC CGGGACTCTCTCTTCTTTCGCGTTTATCTTATTAGCTGTTTCGACGTAGTTTCTAAATGCTTACCTTGTCTTTTTTTCCTCCCTTTTTTTTCCCAACTAGGTTATCTTTTCTCAGTCTTTTTTTTCTTCTGTATCATACATCTGTATATATATGTAGATCGATTCAAGAAACCTTGTGGTTTTCTGGGTTTTGATCTTTTTTCTTTTGTTGATATGTGAGGTTTGTGTCTAGGGTTGTTATGAGATGGAAGTTGGATACAGTTTTTGGGCAGTTTTAGGACAGGATTTAGGTTTGACTTTTTTTTGTCTGTTTATGTGATATAAGAATGTTTTTAGGGTTTTGAGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAACAGAGGATCTAACAGGTAAGATTAAGCTGCTGACCTATGGATTCCTCAGTCCTATCTATTATTTGATAGGATAGGTAAGTGGGTAGCATATGTCAGGAGCTACATTACCCTAAGTTGGATCGCTTATTGGATCGAAGGGAGCTCTAAATTCATTAGAACAA 5 0 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest MIR159 1e-30 sly-MIR159 5e-23 -66.5 ........((((..(((((((((((...((((((..(((((((((((.(((((.....((((.(((((.((((...(((.....((((((((((....)))).)))))).....)))...)))).))))).))))...)))))....)))))))).))).))))))...)))))))))))..))))....... (-66.5)