mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GAGTGAACATGGGAACACATG ATGAACAATGGTGCACCCCAAAGGAGTGAACATGGGAACACATGTGCATTTTGGTATTTTTGTTTTGGCTAAAATCTAAATGCACTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTTGGGTCACCTTGCTTCTT GATACTCATTATGGTCATTATCAATGAACAATGGTGCACCCCAAAGGAGTGAACATGGGAACACATGTGCATTTTGGTATTTTTGTTTTGGCTAAAATCTAAATGCACTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTTGGGTCACCTTGCTTCTTCTTCTTTTTTATATTTTTTTTATTCGATGATATATTAGAATCAGATTTTCTATATACATAAAATAAGGATAAGATCTGCATACATACTATTCTCCTCCGACCTCACTTGTGATATTAAAATGGGTTTGTTGTTCTTGTAGCATTTTTCTTTTTAAATTTGCTCGTCAATCATCATTCGCCATTTATATATTTATGAGATTTTCACTCTTTTTACACCATCTCGCCTTTGAGTGCACCTCGATTAAGGTATTGTCATCTCATTACTATAATTTTCTAATGTTTACTAAATTATTATGTTTTTTTTCTCA 3 1 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest MIR398 0.0000005 gra-MIR398 0.0000004 -51.9 ..((((((.((((.((((.(((((.((((...((((((((((.((((((((.(((.((...((....)).)).))).)))))))).))))))))))..)))).))))).))))))))))).))).. (-51.9)