mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTGCCTACTCCGCCCATTC GTGAGCGGGGTGGCAAGATG AGGATTTTGGGAAGCTTTTGGTGTGAGCGGGGTGGCAAGATGTCATATGTTTATGTTTGGCAAGATGTCATATGTTTATGTTTCATAAAAATTGAGACATCTTGCCTACTCCGCCCATTCACATGGCTTCCAACCATTT GGAGGGGCATCAGCAATTACAGATCTACACACACACAGTGGAAAGGGATGAGGATTTTGGGAAGCTTTTGGTGTGAGCGGGGTGGCAAGATGTCATATGTTTATGTTTGGCAAGATGTCATATGTTTATGTTTCATAAAAATTGAGACATCTTGCCTACTCCGCCCATTCACATGGCTTCCAACCATTTCTTCCTTTCCTACAGTTTCTCGCTGAATATTAACACACTACAATTTTTCAAAATTCATATTTTAAGAGCTGTGATGAGATCTGGAGATAGTCATGCACCACTCTTACAAAATTTATTTTTTGAGTGATGATAAATTTCTCATACCCATTTTGTTTCTGAGCTCTTATGCATTCTTTTCGATTTACCAAAAAATGAATTTTTCTTCATAGGGGGTGAGCCGCATGAGAAAGATCAAACCATGACGCGGACCGTACCATAAACTAAAGCTTCTGGGGGTGAACTTTGGTTTCTGATGGCTCCTTTTCCCATTCATATCATTTTTCTCAAATTTACTTAGTTNTTTTTCATTTAAATTTGGGTTTGAACATCTTATTTCAAATTCCTGAGTAGCTTGAAGG 3 1 3' arm Nicotiana_tabacum mirnest 100 100 -52.3 .((......(((((((..((..(((.((((((((((((((((((.((..((((((...((((((((((...)))))).)))).))))))...)).))))))))))).))))))).)))...)).)))))))..)).... (-52.3)