mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTCCCATTCCTCCCATCC TTGGTTGGAATGGGAAAGATT TTATATTTGCATAGGCAAACGGCAGAGGGAAAGAGTGGCCGGAAAATTTGTGTTGGTTGGAATGGGAAAGATTTGAACATTATATGAACATTTTTATCTTTCCCATTCCTCCCATCCCACAGCTTTCCTGCTATTCTTTCCTCCTGCTTTTTGCCATGATTCCATT AGAAGGTTAGAGGTGGAGTGAGAGAGTAGCTGTAAAATCTATTTGGCTTGTTTGATGTCATCCATGCTTGAGTTTTTCTACATTGTTCTTCCCTTTTCCTATCCTGTTTTACTCACCAACCTCGTCTTATATTTGCATAGGCAAACGGCAGAGGGAAAGAGTGGCCGGAAAATTTGTGTTGGTTGGAATGGGAAAGATTTGAACATTATATGAACATTTTTATCTTTCCCATTCCTCCCATCCCACAGCTTTCCTGCTATTCTTTCCTCCTGCTTTTTGCCATGATTCCATTTGCTTCATGTATTATGATATCACCAGATTGTTGCTTCTTGAATCTTGATTGTGTATATCCAAATGGTTTATGTGCTCTTTCATATGCCGTTAGGTAATCATCAAGGAAGAGGCATGTGGTGTAGGGAAAGAGTCATTGGAAAATCCAGGGTGTGGCACTGCATGTTCAGTGGTTCATGATGCAAAATTGGGAAGGAGTTGATGTCTATATGAGATGGGGTGAGATGTCTCTCAACTCAAATAAGGTTTCATAAGCTTTGTAGGTGATTTGATGCAGGGATCTAGGCCATGATAAGGTTACTTAACAAAGCACCAACGAAGTGGTATCCCATTTGGTAAGCGGAGTCCTGTGTCAAGCTGAAGGTCCAGGATCGAATACCTCTGCC 5 0 3' arm Nuphar_advena mirnest 100 100 -70.9 .............((((((.(((((.(((((((((((((.(((((..(((((.(((..((((((((((((((..(((..((.....))..)))..))))))))))))))..)))...))))).))))).))))))))))))).))))).))))))........... (-70.9)