mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTATTACTCCCTCCGTCCCG GGACGGAGGGAGTACAATTCT AGCCCACTTTATTTATTACTCCCTCCGTCCCGCGAGAATTGTCCCAAAACTTTTAGGCGCGGGTATCAAGGAAAAAGAAAATTAGTGGTGTGAGTGGGTGGAGGAGTGAGGTTGATGAATTCTAACCACTAAATCCTTTCCATTTTTGGTAATGGGACTAATAAATGGGAAAGACCAAAAAGGAAAGTGGGACAATTTAAATGGGACGGAGGGAGTACAATTCTAGAAAAAA ATCCTTGTATCTCTCAATAGCTAACTCTCTAATTTCGATAGATTACATACAGCGGTCAGCGGGCAACATTTGGCCAATGTAGCCCACTTTATTTATTACTCCCTCCGTCCCGCGAGAATTGTCCCAAAACTTTTAGGCGCGGGTATCAAGGAAAAAGAAAATTAGTGGTGTGAGTGGGTGGAGGAGTGAGGTTGATGAATTCTAACCACTAAATCCTTTCCATTTTTGGTAATGGGACTAATAAATGGGAAAGACCAAAAAGGAAAGTGGGACAATTTAAATGGGACGGAGGGAGTACAATTCTAGAAAAAAAAAAAAAAGCTAACAATTTAGATTCATACTTGTTGTATTTCTTGAGAACAAACTTTTACATTCAGCCTCTTCAAATCCAAGTAGCTGATAATCATCGAATCCATTTTAGTCCATATAGAAATGGGAACAACGTAGCCAAAGCACGGGAAAGCATTGACGGGCTGAAAAGAAAAAAATGATGGCAACAAAATGGCGCAGCGACGACCCAACGACCGCAGCCAGAACGTCATCGTATCATCGGAGGCAAGACGACGTCGGCAAGTAGCGGCGACA 5 0 5' arm Ocimum_basilicum mirnest 100 osa-MIR812h 0.00005 -70.8 ................((((((((((((((((...(((((((((((...(((((.(((((...(((((..((.........))..)))))...)))(((((.(((((...........)))))..)))))...((.((((((((((((((......))))).))))))))).)))).))))).....)))))))))))...))))))))))))))))............... (-70.8)