mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTCGTCTCGCGCTTTACAGC TGTAAATCGCGAGACGAATCT TGGAATCTGTACTAAATGAAGTATATGTACAAAAAAATTTATACAGATGAGTTGTAAATCGCGAGACGAATCTAATGATGCTAATTAATTTATAATTAATTAATAATTATTGAATGGTTACTGTAACATCACTGTTGCAAATCATAGATTAAGTAGGATCATTAGATTCGTCTCGCGCTTTACAGCCCATCTATGCTAAAAGTTTTATAAATAGACTTGATTTAGTACTCCATAT AAGAAACGCAAGTAAAGATAAGGTCCTCGCACGTGCCGCGCCTGGCCACTTGCCCTCCGCCCGGGATCGTATCGGACCCAAGCCCACCCCAATTGCGTTGCGCGTCCCTGAATTTGGTTGGATCTGGCGTGCTTCGCTGCCGCGATTTTTTAGGATTCCGGTGCCACAGATCGACACGTCGCCACGGCCCCGCGGGCGGTCGGGGTCGGTACGGCGTCGGCTTCAGGCCGTTTTTCTGCGCAAATTTTTTCGTTGGAATCTGTACTAAATGAAGTATATGTACAAAAAAATTTATACAGATGAGTTGTAAATCGCGAGACGAATCTAATGATGCTAATTAATTTATAATTAATTAATAATTATTGAATGGTTACTGTAACATCACTGTTGCAAATCATAGATTAAGTAGGATCATTAGATTCGTCTCGCGCTTTACAGCCCATCTATGCTAAAAGTTTTATAAATAGACTTGATTTAGTACTCCATATATGTATCGAAATATTCGATGTGATGTTTTTTTTTTTTATGT 1 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR442 0.00001 -79 ((((....(((((((((.((((.(((.((.((((...(((.((.(((((.((((((((.((((((((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.....)))))))...((((((..(((((((....))))))))))))).)))))).))).)))))))))))))))))))).)))))))).))))).))...))).)))).)).))).)))).)))))))))))))... (-79)