mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCTTTCGTTCCAAATT TTTGGAACGGAGGAGTAGTT AAAGTAGTATACTACTCCTTTCGTTCCAAATTATAAGACATTCCAACAATCTTGAAGAGTCAAAGTTTTTATATTTGACCAAATTTATATAATAGAATAATAATATTTATTATATAAACTAAGTACCATTAGATTTTTTATTAGTTATATTTTCATAGTACATCAATTTGATATCATAAATCTTTATATTTCTCTCTATAATCTTGGTCAAACTTGAGATTGATTTGACTCTCCAAGATTCTTGGAATGTCTTATAATTTGGAACGGAGGAGTAGTTCTAAATCG GGGCTTGATGTGATGAACAAATAAAGCGCATAACCAATCTTTACCTGGAGTACAAAATGGTACTTGCAGTGCACTGGGAGACAGAAAAGTATGCAAGGGCAACATGCTGATTTCCAAGTATATGCCTCTGGAAGTTGACTTTTATAACATTTTAAAAGAAAGAACTTTGGAGCCATGAAAAGGGCAACGAAAAAACTAATTGTACCCGATGCCATACGGATGATGCCACTGAATATGCCTATTTCCTTGACGGCACAGAAAAATCCTGTTGCCCTCTTCTAGTACCGTAGTACGTACATGCCGACTACCAGTGTTTATTCGCTTAAGAAGAAGAAAACAAGGGTGTGTAGGCTTCGGTCATCAGAAGAAAATATACTATGTTCAGTAATTGCAGTAGTTACTATTGGGTTGACAGAATCTGCCAATGCAAAGAGTCAGCAAACAAAGTAGTATACTACTCCTTTCGTTCCAAATTATAAGACATTCCAACAATCTTGAAGAGTCAAAGTTTTTATATTTGACCAAATTTATATAATAGAATAATAATATTTATTATATAAACTAAGTACCATTAGATTTTTTATTAGTTATATTTTCATAGTACATCAATTTGATATCATAAATCTTTATATTTCTCTCTATAATCTTGGTCAAACTTGAGATTGATTTGACTCTCCAAGATTCTTGGAATGTCTTATAATTTGGAACGGAGGAGTAGTTCTAAATCGTAAGTCG 0 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 7.0E-8 100 -93.8 ....(((...((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((..(((((..(((((((((..(((((....((((..((((.((((((.((((.......((((.((.(((.....(((.....))).))).)).)))).........)))).))))))..))))..))))...)))))..)))))))))..)))))....))))))))).))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))..... (-93.8)