mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCGCACCTCTCTCTTCTTCC GAGAGGACGAGAAGTCGCTCC ACTATCTCTTCGTCGCACCTCTCTCTTCTTCCTGAGCTCTAGAGCGCTGCCGATGTCGCCATTAGCAGCATCGGTGAGCTCGTGGACCGGTAAGCTCTGGCTATCTCCCGCTCCCTTGGCCACCATGCCACCGCCGTCCCCCTCTTCCGCGTTCCTTGCACCACTTCTCAGCCGCCCCTGCTTCTCCTAACCCCGTCACCACCCAAGCCGGACGCTATGGGCGGAGCTTACTGAGCTCCGAGCTTCCACCGTCTCGCACCCTCTTTCTCTCTCACCCCTAAGATGTGCATGAGCTCCGACCCATCTCCCTCTCCGTTTCCCCCGCCACTGCGAAGCTCCCCGTGGCCTTCCTCACCGCCGCCACTGAGCTCACCGGCGGCGACATCCACCATAGCATGGAGCACCTCCGTCGTGATACACTCCCGCTCTGCCGAACTGCGCCATCAATTTCGCAGAACCGGGACCACGCCTTGACTTCCTCCTCTGGCCCTTGCCGTCTCCCCACGCGCCGGTGACGGAAAAGGGAAGGGAGAGGGGATAGAGGTGAGAGATAGCGGAGAGAAGAGGGAACGCAAATAGGAGATGGTGAGCTCTCACCGAGACGGCGAAGGAAAGGGCGAGGGAAGCTGGGACGAAAGGGAGAGGACGAGAAGTCGCTCC GGTTATTCACTGTAATAATCCACTGTAATGTTATTACACTATCTCTTCGTCGCACCTCTCTCTTCTTCCTGAGCTCTAGAGCGCTGCCGATGTCGCCATTAGCAGCATCGGTGAGCTCGTGGACCGGTAAGCTCTGGCTATCTCCCGCTCCCTTGGCCACCATGCCACCGCCGTCCCCCTCTTCCGCGTTCCTTGCACCACTTCTCAGCCGCCCCTGCTTCTCCTAACCCCGTCACCACCCAAGCCGGACGCTATGGGCGGAGCTTACTGAGCTCCGAGCTTCCACCGTCTCGCACCCTCTTTCTCTCTCACCCCTAAGATGTGCATGAGCTCCGACCCATCTCCCTCTCCGTTTCCCCCGCCACTGCGAAGCTCCCCGTGGCCTTCCTCACCGCCGCCACTGAGCTCACCGGCGGCGACATCCACCATAGCATGGAGCACCTCCGTCGTGATACACTCCCGCTCTGCCGAACTGCGCCATCAATTTCGCAGAACCGGGACCACGCCTTGACTTCCTCCTCTGGCCCTTGCCGTCTCCCCACGCGCCGGTGACGGAAAAGGGAAGGGAGAGGGGATAGAGGTGAGAGATAGCGGAGAGAAGAGGGAACGCAAATAGGAGATGGTGAGCTCTCACCGAGACGGCGAAGGAAAGGGCGAGGGAAGCTGGGACGAAAGGGAGAGGACGAGAAGTCGCTCCCAGGGCGAGCC 4 2 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 100 -215.2 ..............((((.((((((((((((((((((((..((..(((((.((((....)))).))))).))...)))))).(((.((((......)))))))(((((((((((((((.((......((..(((((((...(((((..(((((((((......((((((..((((.....(((.(((((.(((((((.............)))....(((((((((((((..(((((...)))))..........((((..((((..............)))).)))).))))))))).))))(((((((.(((.(((((..(((....))).(((((...(((((.............))))).)))))((((((((.((.........((.(((.((.((......((((........(((((.(((((.(((.((......)).))).)))))..)))))........))))...........)))).))).)).......))))))))))..))))).))).))))))))))).))).)).))).....)))).)))))))))))))))....))))).((((((....)))))).)))))))..))....)))))))).))).)))).)).)))))))))).)))).)).))... (-215.2)