mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTTCGTTCCAAATT TTTGGAATGTAGGGAGTACTT TCAGTAGTTTACTACTCCCTTCGTTCCAAATTATAAGACATTATAAAAATTTTAGAGAGTCAAAGCAATATCAAGTTTATCAAGATTATAGAAAAAATATAAAAAATTATGATATCAAATTGATATACTATAAAAATATAACTAATAAAGAATCTAATGGTACTTAGTTTATATAATAAATATCATTATTCTATTATATAAATTTGATCAAACATAAAAAAAATTGACTCTACAAGATTGTTGGAATGTTACAATTTAGATTGTTGGAATGTTATAATTTGGAATGTAGGGAGTACTTACCACCTG TATCGCGTACGGTATGAGTCTCGGCCTCTTCGCGGGTTACCTGTGGAAGCTGCACCACTGGAGCAACCAGCGCCGCACCCGCGAGTTCTACAGCCTGCTCGACCAGGGCAAGGTCAGCGTCGTCGCCGACGAGCCGCGGGCCGGGGCCGACGACGACTGACGGTACACGCACGCTTCAGTAGCTCGATCACCGGCGCCAGCTGATCGCTCTCCGTGCATGCTGCTTGGCATGCATGTCACTTCACTTCAGTACTGTGCTCTCATGCTCATCATCAGTAGTTTACTACTCCCTTCGTTCCAAATTATAAGACATTATAAAAATTTTAGAGAGTCAAAGCAATATCAAGTTTATCAAGATTATAGAAAAAATATAAAAAATTATGATATCAAATTGATATACTATAAAAATATAACTAATAAAGAATCTAATGGTACTTAGTTTATATAATAAATATCATTATTCTATTATATAAATTTGATCAAACATAAAAAAAATTGACTCTACAAGATTGTTGGAATGTTACAATTTAGATTGTTGGAATGTTATAATTTGGAATGTAGGGAGTACTTACCACCTG 2 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.000001 100 -61.2 ...((.((....((((((((.((((((((((((((.((((((.(((.((((((..((((((((...........((((((((((.(((((.......)))))....(((((((((((...))))))..)))))...((((..((((..((((..((((((((.(((..........))).))))))))))))))))))))..)))))).))))..........))))))))..)))))).))).))))))(((.(((((....))))).))))))))))))))))).))))))))...)).))... (-61.2)