mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGAACGGAGGGAGTACA TGCAACCTTCTGTTCAGAAAAC ATACAATTTGGAACGGAGGGAGTACATCAGTATGTCGATGGTTGAGCTCAAATATATAAGTATCTGAGCTGCCCAGCTGTTGATCATTTACCATGCAACCTTCTGTTCAGAAAACAT ATACAATTTGGAACGGAGGGAGTACATCAGTATGTCGATGGTTGAGCTCAAATATATAAGTATCTGAGCTGCCCAGCTGTTGATCATTTACCATGCAACCTTCTGTTCAGAAAACATAGATTGACCGCCTCTTTTTAACCTAGTATACATATAACTTGGTTGCTGAGTTTAGGGATTTGTATACGAGAGCTTTCATTTGACCAACTTCCTGAAAGGAAGACAAAATATTACTGAATTTGTAAGCGTTGATATCAGTATGCCAATTGA 5 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.00003 tae-MIR1137 0.0004 -33.9 ......(((.((((((((((.(((.......(((((((((((((((((((.((((....)))).))))))...)))))))))).)))......)))..)))))))))).)))..... (-33.9)