mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCAAAAGATACGTCTCGTC TGGAATGTATTATTTTTAGCAT GACCTAACTAGGCTCAAAAGATACGTCTCGTCGTGTACATCAAAACTATGCAATTAGTTTTTTTATTTACTTACATTTAATGCTCCATGCATGAGGCAAAAGATTTGATGTGATAGATAAATAGTAAAGTTTGGAGAGAGAAATTTTGGAACTAAACATAGCCGAAGTAGGAGACATCTATTTTGATGGTACAATCTGCTGGTTACTCTTATAATATCATCTGTTGTCTGTTACACCACATTTGTCACTATTATGTCCACCTGTAATTTTAACTTTTGTGGTTCTCAGAAAATTGCTCTCATTAATTAGTTTGAATATAAAAAATAAAGTTGGGTATTCTGGAACTGACAAGGTACTTAGCTTCTTTCTTTTTAAATCGAGCATGATTCTTCTGTTCTTTTGATCTTTATTATAGACCAGTGTTTCAGAGCCAAAGGGCAGCAGAACAGACTAATATAGTTCACAAGGAACCATGTATTATGGAGTAACAAACGTTGCGAGTCACTTTGGAGGTGGCTCTGTAGGTATGCTATTTGGTTCTGTAGCTCTCCTACTCCGCTGTAGCACCTGGAATGTATTATTTTTAGCATTAAATTGT TACTTTTCGTTTGTTTGTGGTAATTATTATTCTACCATGACCTAACTAGGCTCAAAAGATACGTCTCGTCGTGTACATCAAAACTATGCAATTAGTTTTTTTATTTACTTACATTTAATGCTCCATGCATGAGGCAAAAGATTTGATGTGATAGATAAATAGTAAAGTTTGGAGAGAGAAATTTTGGAACTAAACATAGCCGAAGTAGGAGACATCTATTTTGATGGTACAATCTGCTGGTTACTCTTATAATATCATCTGTTGTCTGTTACACCACATTTGTCACTATTATGTCCACCTGTAATTTTAACTTTTGTGGTTCTCAGAAAATTGCTCTCATTAATTAGTTTGAATATAAAAAATAAAGTTGGGTATTCTGGAACTGACAAGGTACTTAGCTTCTTTCTTTTTAAATCGAGCATGATTCTTCTGTTCTTTTGATCTTTATTATAGACCAGTGTTTCAGAGCCAAAGGGCAGCAGAACAGACTAATATAGTTCACAAGGAACCATGTATTATGGAGTAACAAACGTTGCGAGTCACTTTGGAGGTGGCTCTGTAGGTATGCTATTTGGTTCTGTAGCTCTCCTACTCCGCTGTAGCACCTGGAATGTATTATTTTTAGCATTAAATTGTATTATATCCAGTGATATTGTTACTGTCTGCACCTGTGATT 4 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 100 -127.3 ...........(((.(((((((((((.(((..((((.....(((((((......))))))).(((((((.(((((((.(((.((...(((.....)))..))))).))))))))))))))(((((..(((..((((((........((((((((((..(((((((((((((.....)))))))))..((((.....)))).((((((((.(((((((..(((((..(((((...((((((...((....((((((......))))))....))...))))))(((.(((..((((.(((...((((.((.(((((((.(((.((..((((((((((((.((.......)).))))))))))))..)).))).))....(((((.((...)).))))).))))).))..)))).))).)))).))).)))(((....))).)))))))))).....((.((((.....)))).)))))))))))))))))..((.((((((((((((.....)))))))).))))))..))))))))))))))...)))))).)))..))))).)))).))).))))))).)))).))).......... (-127.3)