mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAATGGAGTGAGGTGCAACA TTGCACCTTGCTCCGTTGTGG TGGGTAAATTTCACTCTGCCCTCTGCTGTTCAGCATGGTTTTGCTTTGCCACCACGATGTTCATTTTCATTGCACCTTGCTCCGTTGTGGTCTTGATGTTCCGCGGAAGGGAATCCCTGTATCAAGGAATTGTTACATGGATGGTTGTTGACGCCGCCCATTGTCATGCATGGCACTGTGCCACTAGCTTGATACGCTTGAACTGTATGTTGTATCGCAGACGAACATAAATGCATCGACATTGTGGCAGTTATTTGATACAGAGACTCGCAACTGTAGAAGGACAAAATCACAATGGAGTGAGGTGCAACACAATGAACAATATGGTAGCAAAGTGAAAGTCTGTCGAGCTGCCGGGGACACAGTGAATTTTATCCAACT TGGGTAAATTTCACTCTGCCCTCTGCTGTTCAGCATGGTTTTGCTTTGCCACCACGATGTTCATTTTCATTGCACCTTGCTCCGTTGTGGTCTTGATGTTCCGCGGAAGGGAATCCCTGTATCAAGGAATTGTTACATGGATGGTTGTTGACGCCGCCCATTGTCATGCATGGCACTGTGCCACTAGCTTGATACGCTTGAACTGTATGTTGTATCGCAGACGAACATAAATGCATCGACATTGTGGCAGTTATTTGATACAGAGACTCGCAACTGTAGAAGGACAAAATCACAATGGAGTGAGGTGCAACACAATGAACAATATGGTAGCAAAGTGAAAGTCTGTCGAGCTGCCGGGGACACAGTGAATTTTATCCAACTATTTGTATGTTGTTTTCTGATTGAAACCATTAAGTAATTATGAATAAGCTGCAAGAGTCGGTCATAGCACAAATGCATGTAGTCATCGCCACATTTGGCGTCACCGTGTGTTATTGTAACATTTGTACCATTTGTTGTGTATCATTGTAACTGTGAGATACAAATATTATAAAACATCTGTATCTGTC 2 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR1875 0.00002 -139.3 ((((((((.((((((.((.((((.((.((((.(((.(((((((((((((.((((...((((((((....((((((((((((((((((((((.(((...(((.((((....((.((.((((((((((.(((((((((((((.((((.......)))).))).((((((((((((((...))))..(((.((((.....)))).)))((((((((.......)).)))))).)))))).)))).)))))))))).)))))))))).)).))....)))).)))...))).))))))))))))))))))))))...))))))))...)))).))))))))))).))))).)))).)).)))).)).)))))).))))))))... (-139.3)