mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCTGTCCGAAATCA ATTTGAAATGGATGGAGTACA GTGATAATAAGTACTCCCTCTGTCCGAAATCATTAGTCGCTTTAGCTTTTCTAGATTCATAGATTTTGCTATGTACCTAAATATAATATAATTATGTATCTAGAAAAGCCAAAAATGACTAATTATTTGAAATGGATGGAGTACATATTAGTA GACGAGGCCGATGGACGAGCTCGTCGGCGGCGACCAAACGCTGGTGTACAAGCCCGTGAGGTACGAGAAGACCCCAGCGCGCAAATCCGGAGCTCCACTGATGAAACGGCGTGATTTCTGTTCACACATACAGAGGGATACAGTGTTGCAGCTGTGGAAGAATCGAAATTGTCTGGATGAAAGAAGAATACTTGTAAGAAGCAAATAAAACAGCAGGAAAGTTGCCACTTTTGAGGCTCTCGTCACACTCTAACGGAAGTGATAATAAGTACTCCCTCTGTCCGAAATCATTAGTCGCTTTAGCTTTTCTAGATTCATAGATTTTGCTATGTACCTAAATATAATATAATTATGTATCTAGAAAAGCCAAAAATGACTAATTATTTGAAATGGATGGAGTACATATTAGTATCTGCTTTACTGCATAGGCCTGCCCCAAAATACCTGCTGTCCAGGTTTGCACACCACCACAATTTCGAGCTGGAATGGACTCGAGTTCCATCACTTTTAACATGCAGAGAGGAATCACAAACAAGCCACTGAAATTATATTTGCTGCAGCAATGCTTTGATTGCATTATGAGACACTAATAAACAGGTAGGAAAACACAATGGCATGCTTACCAACGTACAAAAAAAAGTTAATCAACTA 5 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.0005 100 -46.5 ....(((((.(((((((.(((((...((((.((((((((.(((.((((((((((((.((((.(((.((.(((((......))))).)).))))))).))))))))))))..))).)))))))).))))...))))).))))))).)))))... (-46.5)