mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAATAAGACGAGTGGTCAA GCCCACTCGTCTTATTAAA AAATATCATGTACTCCCACTGTTCCAAATTATAGTTCGTTTGATTTTTTTGACTTCAAGTTTGCCCACTCGTCTTATTAAAAAATTTGATGCAAAATATCACTTCTTTTGTTGTGGCTTGCTTTATTAATAGAAGTTCTTCAAGATTGACTTAAATTTGACGACATTTGCACAAATTTTTTTGAATAAGACGAGTGGTCAAACTTGGGGTCAAAAAAGTCAAACGAACTATAATTTGGAATGGAGGAAGTACTGAGGAGA ACGGAGGATAATGGAAGGGAACCATCGAATGGGAATGGTCGCTATTGATTCGGCAACGGGTACTGTAGCTAATTGTGGCTGTGAGGTGGAAATTTTGGAGTGTGAACCACTTCCAGATGGGCGCTTTTATTTAGAGGTAAATTTTGTATTATTACCAGATTTTAAGACAACATTACTACATTCTGTATTAGTTTTCAAACTGCTTTCTGTTGAGCAACTGCCCAAACTGCATCTCTGTGAGGCTGTGAGCTTACAGATCCCATGTTGTGTTGCTGCAGACTTCAAATATTATATTTCTTAGTATTGACCTGTCTACACCGATTGTCATATATGCTTTTAGATTCAACATTGTTTTGGAACTTAGAAGATTATAAGTACTATTTTCAAGGAATGTTTCCTTCGTTTCGCAATCCAAGTCCTTCATTCTTGTTACATTAGAAGAAATATCATGTACTCCCACTGTTCCAAATTATAGTTCGTTTGATTTTTTTGACTTCAAGTTTGCCCACTCGTCTTATTAAAAAATTTGATGCAAAATATCACTTCTTTTGTTGTGGCTTGCTTTATTAATAGAAGTTCTTCAAGATTGACTTAAATTTGACGACATTTGCACAAATTTTTTTGAATAAGACGAGTGGTCAAACTTGGGGTCAAAAAAGTCAAACGAACTATAATTTGGAATGGAGGAAGTACTGAGGAGAACAGAATATAAAGACAGTATCTTTTCTGTCAGCTGCAGAAGACTGACTTGCATAGTATCACTCTTGTAGTTTTCAAGTCTTGTCCACCTTTTTTTTTTTCTACCA 1 2 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR806 1e-36 osa-MIR818e 0.0008 -113.2 .....(((.(((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((.....((((((.(((.((.((....)).)).))).))))))((.(((((.(((...))).))))).))..))))))))))))))))..)))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))))))..... (-113.2)