mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGGACGGAGGGAGTATA TACTCCTTCCGTTCCAAATTA AGTAGATAGATAGAATTGTACGTAGATGCATATACTCCTTCCGTTCCAAATTATAAGTCATTCTAAGAATTTTGAAGAATAAAAAATTTCTAAGTTTGACCAAATTTATACAACAAGATAATAACATTTACGATACCAATTAAGTATCATTAGATTCTTTGTTAATTATATTTTTATAACATACCTATGTGATGTCATAAATCTTTGTATTTCTCTATATAATTTCGGTCAAACTTTGAAATAGTTTAACTCTTTAAAATTCTTGAAATGACTTATAATTTGGGACGGAGGGAGTATATATCTATGTATATATCCTATCGTTAGTTC GTCAGGCTCAGTGTTTCAGTATGTGTGCACTCTGCTGGGATCCCTGAATCAGATGCCAAAAGGGTACATGGCCTTTCCGTGAGAGAGACTCGACGCCAACGGTAGAAATTAACAAGTACTACGCGCTACACGGTGCGTGCCGAGTGGTAGTTGTGCATCGACCATGACCACACACATTACTGGCACACATGCATGTTCTTCCGTTTAAAATGTTCAGAGTTAGACGACGACCTGCAACTCGTAAATTAGCCACTGCAAAAGCGTCGTGGCTTGGGTATGCCACGTACGTCAACCGTGCCGCGCACGCGTCGTCAAATTTGGACGTTCTGCTAGCGCAGGACAGGACGGAGCACACCGCAATATAATGCCCATCTGAGTCTTGGAATAAAATACATACAGTAGATAGATAGAATTGTACGTAGATGCATATACTCCTTCCGTTCCAAATTATAAGTCATTCTAAGAATTTTGAAGAATAAAAAATTTCTAAGTTTGACCAAATTTATACAACAAGATAATAACATTTACGATACCAATTAAGTATCATTAGATTCTTTGTTAATTATATTTTTATAACATACCTATGTGATGTCATAAATCTTTGTATTTCTCTATATAATTTCGGTCAAACTTTGAAATAGTTTAACTCTTTAAAATTCTTGAAATGACTTATAATTTGGGACGGAGGGAGTATATATCTATGTATATATCCTATCGTTAGTTCGTTGTCGTCGCACCGAACAAGCAGAAGTATGACACAGCTGCGATCCGGGCAAT 0 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.000000001 tae-MIR1132 0.00007 -107.8 ..(((...(((((...(((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((..(((((.((((((((((.((.(((((.....(((((..((.(((((.((((.(.((.((((((.(((((........))))).))))))..)).((((....))))).)))).))))).))..))))).....))))).)).)))))))))).)))))..))))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....))))).))).... (-107.8)