mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGGACGGAGGGAGTAGT GTACTCTTCCGTCCTAAATTA TTCCTTCCCTCTACGGTCCATGGTAAGCAGATGCATTCGTACGTACTCTTCCGTCCTAAATTACTATTCGTTTTGACTTTTCTAGATACACGACTTTTGCTATGTATTAGACATAGTATATATCTAGGTGCATATCAAAAGACATGTATCTATAAAAGCCAAAATGAATAGTAATTTGGGACGGAGGGAGTAGTATATATGTATACTCTACTCGCCTCGCCAATCGCCATACA CGAAAAACACTTGTTGGATGATGCCATACTTTCCGAATAACAGCAGATCCACAGCAGATCCGGTTTTTGAAGGTATGTATAATAGTAATACAGCGAGGGGCGGCATGTCATCACCGCGCTTAGCTTTTCCTGTGATACAAGCACATATTGCTCCTCAAAAGGCAGGCCCATCAGGCAATGCTCCAGTATAACTTATACTAGACACAATCAGATGCTGCTAACCAGCATATGGTGCTAAAATTATACACATTATTATAGTTATTATGTTGGTCTTGCACTAGCCTTATTCCTTCCCTCTACGGTCCATGGTAAGCAGATGCATTCGTACGTACTCTTCCGTCCTAAATTACTATTCGTTTTGACTTTTCTAGATACACGACTTTTGCTATGTATTAGACATAGTATATATCTAGGTGCATATCAAAAGACATGTATCTATAAAAGCCAAAATGAATAGTAATTTGGGACGGAGGGAGTAGTATATATGTATACTCTACTCGCCTCGCCAATCGCCATACATGGTCAGCTCATCATACTCAAACTCAGGCAAAAACTTTCTCCGCGAAGATATCGAGCAGCGACAGCGCCTGCAGCCACATCAAAAACTTGAATTAGCCCTTGCTGTTGTTTTCTCACATTGTTCATGCAAAGATTGAATTATTTCTTTTTATCATGAGGTATTCGGATGATTCAAAACGGAGTATCAAGTGAGCAAGCC 0 2 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.0000000009 ssp-MIR1128 0.0002 -81.3 ..............(((....(((.((.((((((((..((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((((...((((((.(((((((((((.(((...))).)))).))))))).))))))...)))))))).))))).)))))))))))))))))))))))))).))))))))))..)))))...))).)).)))..)))............ (-81.3)