mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGAGGTA GCTCCGTTCTACAATATAAGC TTAAATGCTCGCTCCGTTCTACAATATAAGCCTTTGTAGTAAGCTATTTTAGTTTGCTAAAAAGCTTACATTGTGAAACGGAGGTAGTAGGAA GGCTAAGTTTTTTCTTTTTAAGATGCTGGCTAAGTTTTCGCTTCAACACAAGCTATGTACAACTTAAATGCTCGCTCCGTTCTACAATATAAGCCTTTGTAGTAAGCTATTTTAGTTTGCTAAAAAGCTTACATTGTGAAACGGAGGTAGTAGGAAACTAAGTAGTTCCAGATAGATTCTGTCCAGTGGACCCTAAGGCTACGAGATATACACGTGACTGACTACTGAGGACAATTAGACAGTCAACCCAGTCCTGAGTCAACCACGAGGGGCAGCCATCTGCTGCTTCTTGACCCAATCCCCAGGCTTCACCATGCTGATATCGTGGGGTGTTATAAATACCCACTGTGACCCTTGTGCAACAGCAAAATCTACGAGGGTGTCCAAGCTTATTTTGCGGCTCACCGCATCCATGAACACGTCGAACTCATCCATGGCCCTAAAAGGTGCTTCTGTCATTCCATGAAGAGCTAAGGTGAAGCAGAGTGTCGAAAAAGACCGCTCTCCTCCTGACAGTCCTCTAGTGTCTCTGAC 4 0 3' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 0.0000003 osa-MIR809d 0.00002 -33.9 .....((((..(((((((.((((((.(((((.(((.((((((((((...)))))))))).)))))))).)))))).)))))))..)))).... (-33.9)