mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTCCGTCCCAATTA TAGGATAGAGGGATTACTA TTCCTAGTATAGTAGTACTCCCTCCGTCCCAATTATTATTAGTGTTTTAGCTTTTCTAGTCTATCTTGTGACTCTAGTCTAGAAAAGCTAAAACGACTAATAATTTAGGATAGAGGGATTACTAGCAGCTAAACA GCGTCCAGCAACCAGTCGATGTGTCTCATGCGTGTCTTAAAGCAACTCTAACTCTTTTCCTAGTATAGTAGTACTCCCTCCGTCCCAATTATTATTAGTGTTTTAGCTTTTCTAGTCTATCTTGTGACTCTAGTCTAGAAAAGCTAAAACGACTAATAATTTAGGATAGAGGGATTACTAGCAGCTAAACAGATAATGGATGATAATGCAAATTGCAAATAATTATTTTAGGAAACTTTCTGATACTACAGGTACAATTGAACAATTGGCTACAACACCAAACAAATAGAGTTAATCTTACAATCTACTGCACTCCAAATAACCTAGGGGCAATACAACCTCACCTGGCCAGAGGGCCGGATGCATGAAAAGACCACGAAAAGCTGAGAACAGCAGCGCCGAAGGGGCATTGGCGCTGCAGGTTGGGGTGAGCTCAGTGCAGTAAGTTGTAGATCCCAGCATCAGCACCGTGCCAAGTCAAGGCGGCTGTTTCTAAAAGCACTTCTTATGCACAATGGATGGGCCAGTCTCATCATACTCGCCCTTGGTGACATGCTGGTTCTGAGGGAAGACAACCTTGGCCAGTATCGCACCACCCATCCAGGCCGAGTACCTTGCTAGTTCTCAGCATGTATTCTGGGGCTTTACAGAGATGGGCAAATTGCTGAAGCAGAAAGATTTGCTTCTCTTTGGGATCT 5 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.0001 100 -49.6 ......((.((((((((.((((((.((((.((..(((((((((((((((((((((((((.(((...........))).)))))))))))))))).))))))))))).)))).)))))).))))....)))).)). (-49.6)