mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACTCCCTCCGTCCCAAT TTAGGATAGAGGGATTACTAGC CCTAGTATAGTAGTACTCCCTCCGTCCCAATTATTATTAGTGTTTTAACTTTTCTAGTCTATCTTGTGAATCTAGTCTAGAAAAGCTAAATCGCCTAATAATTTAGGATAGAGGGATTACTAGCAGCTAAA GCAAGTTAATAACACGTCATCATCTTATATAAAATTATATGCGTCCAGCAACCAGTCGATGTGTCTCTTGCGTGTCTTAAAGCAACTCTAACTCTTTTCCTAGTATAGTAGTACTCCCTCCGTCCCAATTATTATTAGTGTTTTAACTTTTCTAGTCTATCTTGTGAATCTAGTCTAGAAAAGCTAAATCGCCTAATAATTTAGGATAGAGGGATTACTAGCAGCTAAACAGATAATGGATGATAATGCAAATTGCAAATAATTATTTTAGGAAACCTTCTGATACTACAGGTACAATTGAACAATTGGCTACAACACCAAACAAATAGAGTTAATCTTACAATCTACTGCACTCCAAATAACCTAGGGGCAATACAACCTCACCTGGCCAGAGGGGCGGATGCACGAAAAGACCGCGAAAAGCTGAGAACAGCAGCGCAGAAGGGCATTGGCACTGCAGGTTGGGGTGAGCTCAGTGCAGTAAGTTGTAGATCCCAGCATCAGCACCGTGCCAAGTCAAGGCGGCTGTTTCTAAAAGCACTTCTTATGCACAATGGATGGGC 3 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 100 -38.3 ..((((....(((((.((((((.((((.((((((((...(((.((((.(((((((((.(((...........))).))))))))).)))).))).))))))))..)))).)))))).)))))...)))).. (-38.3)