mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCAAAAGATTCGTCTCGCG ACGAGACAATCTTTTAAGCCT ACAAAACTAGTTACATAGTTTGGATGTACACGACGAGACAATCTTTTAAGCCTAATTAGTGCATGATTAGCCATAAGTGCTACAGTAACTCGCATGTGCTAATGATACGGTCAAAGGCCTCAAAAGATTCGTCTCGCGGTTTTCAGGTGAATTCTGAAATTAGTTTT ATGAGCATTAAATGTAATTAAACAACAAAACTAGTTACATAGTTTGGATGTACACGACGAGACAATCTTTTAAGCCTAATTAGTGCATGATTAGCCATAAGTGCTACAGTAACTCGCATGTGCTAATGATACGGTCAAAGGCCTCAAAAGATTCGTCTCGCGGTTTTCAGGTGAATTCTGAAATTAGTTTTTTAATTAGTGTCCGAAAAATTCTTCCGACATCTAGTCAAACTGTTGATGTGACACCCAAAATTTTTTTGGTTTGGGAACAAGTTGCCAACAACCCGGAGACCACGGCACGCCGGATTCTTCCTTCTGTCCAGGGTGGTAGCCACGTCAATAAGTCATGTCGTTTTGTTGTCACTGCCTCCTCCCGAGTCATGCCTTGAGAGTTGAGAGTTCAGTGCTACTGCCTCTCCCTCATCTGTCTTCTTCCATGGAGATTCATTACCTATTTGAATGTGGTACCTGACAATGCACTGAGAGGAATCTCCCTCAAGCGCACTCGCAAGCCCCATTTGATCAAACAGTTCCGTAGCGTCACCATGGAGCACGAGTGAAAGCCGGTACCTGAAAATGCAGCACATGTACAAATCCTGAGTCTGGTACTACGCAAAGAACTTTCCTCCTATATTTCCAAGTCAGCATAAACCTCAAAGCTTGGAGGCACCCATGGACTCGGCCTGCCGTATAAGCTC 2 2 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR2124a 0.0005 -44.4 ..((((((((((.((.((((((..((.((.((.((((((((((((((.(((((..((((((((((..((((.......))))..........))))))))))((((...)))).))).)).)))))))).))))))))))...))..)))))).)).)))))))))) (-44.4)