mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGC GATGGTAGTAAAGAGAGCAAGGCTTACATGGCGATGAGGGTTTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCGGCGCGGCCTCTCTCCCTGAAGGATCGGCGTCACCTTCAGAGCTGAGGATGATCGATAGATGAGCCTTCGGGTAGTGGTCGGTTATCACGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGGCTCGCTCTCCTCGCTCATGCTAGCCTTGGATCATCTCTCGATCT CTTGTAGTAGCAAGCCATGCATAAGCTAGCTCACACACTACATTGGCTAGCGGCGGCGAAGAAGAAGATGGTAGTAAAGAGAGCAAGGCTTACATGGCGATGAGGGTTTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCGGCGCGGCCTCTCTCCCTGAAGGATCGGCGTCACCTTCAGAGCTGAGGATGATCGATAGATGAGCCTTCGGGTAGTGGTCGGTTATCACGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGGCTCGCTCTCCTCGCTCATGCTAGCCTTGGATCATCTCTCGATCTCTACCAGTAACAACATATCTGCTTCATCGACCGTATACGTCTTCCCCTGTCTTCTTCAGATCATCGATCGGCTAAATCCTTAACTGTGTTCATGTCCTATATATGTGCATCGTCGATCTTGTTGCTTGCTCGAATTATTATATCAATGTGTGTGATCAATGCTACTCCTACTAGCTAATAATAATGCAGGGTGGATGAATATATGATCAATAATGGCGCGAGATGAAAGGCGAGCTAGGCAGGAATATATATAATATAATCCTGCTATGCTGGCAGGCGAATGAAGAAATAATGTCGATCGATCGACTCAAGGATGGGGCTCCGGCAATATCACTTCTCTTCTGATCTGTGTGTGCTTCTGCTATCCACCAGATCGATCAAACTAGCTAGCCCCTGTTGTTCGACGGTGGTCACTTGTCAGACTAGCTAGCTATTAGCTAGCTAGTAGCCAACCCTTTGCGTATTTCTGAACTTCAGAAGTGTAGATAGTATGTTGACCTGTACAT 0 2 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR169_5 0.00000000000002 osa-MIR169h 0.0000000000008 -102.6 ...........(((((.(((((((..((((((((.((((((..((((..((((((((((((.((((.(((((((..(((.(((((...((.((((((((.(((.(((((.(((((....))))).))).)).....))).)))))))).)).))))))))..))))))))))))))))))))).)).)))).)))))).)))).))))..))))))).....)))))...... (-102.6)