mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGC TAAAGAGAGCAAGGGCTTACATGGCGATGAGAGTTCAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCGGCCTCTCTCCCTGAAGGATCATTGTTCTGAGATGTCATCGTCGTCATCTTCAGAAGATGATCGATAGATGAGCACGAACCTTCGGGCAGTGTGGTCACTCACGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGGCTCGCTCTCCTCGCTCATGCTAGCCTCTTGCATCTCT GAGTGCCAGGGCACCAAACAAGGCATGCAACTTAGCTTATTGCAGTAGCAAGCCATGCATGAGCTCACACAATACACATTGGCTAGCGGCGGCGGCGGCGAAGAAGATGACATGATAGTAAAGAGAGCAAGGGCTTACATGGCGATGAGAGTTCAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCGGCCTCTCTCCCTGAAGGATCATTGTTCTGAGATGTCATCGTCGTCATCTTCAGAAGATGATCGATAGATGAGCACGAACCTTCGGGCAGTGTGGTCACTCACGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGGCTCGCTCTCCTCGCTCATGCTAGCCTCTTGCATCTCTCGATCTCTACTACCACTTTCGAAGTAACATATATATATCTGCTTCATCATTTCGGCCGTATACGTCTTCCCTGTCTTCTTCAGATCATCGACCGGCTAAACTCTTAACTGTTCACGGCCTATATATGTGCATCGTCGATCTTGTTTCAGATCGAGCAAGCGCTCGAATTATTATGTCAATGTGCGAGATCAATATAATTCTACTCCGTCCTACTAGCTATTGCTAATAATGCAGGGTGGATGAATGTACGATCACTAATGGCGTCAGATGAAAGGCCGGCCGGCGAAATGAAGATATGATGTCGATCGACCCAAAGGATGGCTCCGGCAATATCTTTTCTCTTCTGATCTGTCATCTGTGTGTGCTTCTGCTATCCAGATCGATCAAACTAGCCCTTGCTGTTCGATGGTGGCCGTACTTGTCAGACTAGCTTGGCCTCTTTTCTTTTGCGTAAACTCTTTCTGTGGCCGAGCTCCTGGAAGCTCTGTTCTTTTGTCTTGTAATCCTTTAAGTCTTAGATGGTTGAGGTTGCGTTGAGGTTGTTCTGTTACTTGGCTATTCTTCTTATTGTAAGCTGGTATCCCCAGCACAACACATTTTGCTTTCAATATAAGCAGGACCAATGTGGTGGTTGCCAGG 0 2 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR169_5 0.0000000002 osa-MIR169i 0.00000000001 -106.4 ...((((((((((((((..((((((((.((((((..((((..((((((((((((.((((.(((((((..((((...((.((((((((.((..(((((.....((((((((((.((.......)).)))))).))))...))))).)).)))))))).))...))))...))))))))))))))))))))).)).)))).)))))).)))).))))..)))).))))).))))) (-106.4)