mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGAGACGAATCTTTTGAGG TTAAAAGATTCGTCTCGTCAT TTTCAGAACTCACTTGGAAACTGCGAGACGAATCTTTTGAGGCCTTTGACCGCATCATTAGCACATGTTGGTTACTGTAGCACTTATGGCTAATTATATACTAATTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGTCATGTACATCCAAACTGTGTA GAAAAAATATCAATCTCAGCAATTCTCATTTACATGGCATTGTTATTCGTTATAGTACATAACAGGAAAAATTCCTTACATACTATTAGTTAAATCCTAAATCCCTTATTCATCACTGTCAGCGACTGTGGGCGCGTTTAGTTGCAAAACCAAAAATTTTTGGTTGTCACATCATCCCTTTGACCAGATGTCGGGAGGATTTTTCGGAAACTAATTAAAAAACTAATTTCAGAACTCACTTGGAAACTGCGAGACGAATCTTTTGAGGCCTTTGACCGCATCATTAGCACATGTTGGTTACTGTAGCACTTATGGCTAATTATATACTAATTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGTCATGTACATCCAAACTGTGTAATTAGTTTTGTTATTTAATTACATTTAGTGCTTCATACATGTGTTTAAAGGAGAGATGAAAATTTTTGGGTGAAAATTTTTGGGAACTAAACGCGCCCTGTGTAGGGACCCACATGTTATACTGTCAGTGACTGTGGAGGGATCCACGTGTTACAGATACAATGATGGCATATGAGGGATTGCGAGTTTTCTTGGTGGCAGCGTATAAGGAAATTGATCATAATAATAGGTTAGTGTAATGTCTAGTAGGGGAGTAGCAATGTTGCCTCCACACTACTGATAGACATTGGAGTATATGCATTAAGAAAAAGGAAAAAGGAAGCAGAAGCTCTTAAACCGAGCTTATTGTAAAGATATATTGTTGTGGCCGTCTCTTGTTTAGAGCTCCT 2 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR445c 0.00000003 -44.2 ..........((((((((.((.(((((((((((((((((((.(((........((.((((((.((((...((((...))))...)))))))))).)).........))))))))))))))))))))))...))...)))))...))).. (-44.2)