mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGAGACGAATCTTTTGAGG TCAAAAGATTCGTCTCGTCGT TTTCAGAATTTACTTGGAAACCACGAGACGAATCTTTTGAGGCCTTTGACCGCATCATTATCACATGTGGGTTATTGTAGCACTTATAGCTAATCATGCACTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGTCGTGTACATCCAAACTGCGTA CGATAAGAATTTTTTTTGAAGCCTCCCTTTGTAGGTACAGATTTAGTATCTATTCTTATACACATAAGTGCACCACACACTCACACCCTTACACACATACGCAGACCTACATCTACACACAGAAAATATGATCGTGTTCTTCGTGATATCGGCAGAGCCAACTTGGTTCTGCAGACGACGGACATGTCATACTGACCATTATGACGTCACACACGGACACGTCATACTGACCATTATGACGTCACGCGAGGAGGCGACAGAAAGCTTCACCGACGACAGCTCCCGAAAACTCACGGACCTAACACCGCCGGAGCACACAGCAGCGAAGAAGAGAGAGAGGACACGATCATATTTCACGAACGCGACGCCGACTCCCTCATCCAAACACCGCCGGAAACCATATAAGGGGGCGTTTAGTTCCAAAAACGAAAATTTTTGGGTGTCAAATCGACTGGTTGACCAGATGTCGGGAGGGTTTTTCGGACACTAATTAAAAAACTAATTTCAGAATTTACTTGGAAACCACGAGACGAATCTTTTGAGGCCTTTGACCGCATCATTATCACATGTGGGTTATTGTAGCACTTATAGCTAATCATGCACTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGTCGTGTACATCCAAACTGCGTAATTAATTTTGTTATTTAATTACATTTAGTGACTCATACCCCG 2 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR2124a 0.0000001 -45.3 .............(((((.((.(((((((((((((((((((.(((......((((.((((.....(((((((.........)))))))..)))).)))).......)))))))))))))))))))))).)).....)))))........ (-45.3)