mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCAAAAGATTCGTCTTGCG ACGAGACGGATCTTTTGAGCCT ATAATTAAATAACAAAACTAATTACACAGTTTGGATGTACACGACGAGACGGATCTTTTGAGCCTAATTAGGGCATGATAAGCCATAAGTGCTACAGTAACTCACATGTGCTATGATGCGGTCAAAGGCCTCAAAAGATTCGTCTTGCGGTTTCTAAGTGAGTTCTGAAATTAGTTTTTTAATTAGTGT ATGAAACACTAAATATAATTAAATAACAAAACTAATTACACAGTTTGGATGTACACGACGAGACGGATCTTTTGAGCCTAATTAGGGCATGATAAGCCATAAGTGCTACAGTAACTCACATGTGCTATGATGCGGTCAAAGGCCTCAAAAGATTCGTCTTGCGGTTTCTAAGTGAGTTCTGAAATTAGTTTTTTAATTAGTGTTCGAAAAGTCCTCCCGACATCTGGTCAAACACTGATGTGACACCCAAAAATTTTTGTTTTTGGGAACTAAACGCCCCCTTTATAGTCATTCAACGGGAAGCTGACTGACATACTGAATACACGATGGAGTCCATGGAAAGATCTGTCATATTAAAGCCACTGATGGAGATGACAAGGTGTGGAGCTCGTGCTGGAGAACATCATCGTCTCGCTGATGGAGGTGGCGGCCTGTATTCATCAACTCACGAGCAAATTCTCCACTTCAACTTGTGTCAGGACATCATCGTCCTCGAAGAACGCCTGATGGAGGGCTTTTACGCATGCCTTCGCCTCGCTGTCACGAACTATCAGCGACATGTTAACCTTGGATGCCCCTTGCGAGATCATCTGAACATTGACACCACTTTTTCTGAGCACATGGAACGCCTTTTCTAGTATAAGGAGATGATCGTCGCACATTTCCGAT 1 1 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR2124a 0.00004 -50.2 ...(((((.(((.((((((((((.((.((((((((...((.((.(((((((((((((((((((((.......((((.(((.(((((.(((.........)))...))).))))).))))......))).)))))))))))))))))))))).))))))....)).)).))))))))))))).))))).. (-50.2)