mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCTTTAGTCCCGGTTGGTAA ACCAACCCGGACTAAAGGGTG GCCAGCGGAGGGAGGGGCCTTTTCTCCCGGTTAGTGGCTCCATCCGGGACAAAAGGCCCAACCCTTTAGTCCCGGTTGGTAACACCAACCCGGACTAAAGGGTGACCCTTTTGTCCCGATTGGTGGCACCAACCCGGACTAAAGGCCCCTCCACGTGATAGT GGGTTGACCTTTTCACCTGAAGCGAGGACGAAAGAGTGAGCAGGATGCTATGTGTATGCGAGCCCATCCCTCGGAAGCGCTGGGCGGTGTGGCTTTGGAGGACGGGCTTTGATAAACTTGGTGGTCAGCGGTGTCGATGAACTTGCACTACTACAGAACTGGCCTTTGATCCAAGCCAATTGTCCCGGGTCCAACTGCTAGCCGGGCCAGCGGAGGGAGGGGCCTTTTCTCCCGGTTAGTGGCTCCATCCGGGACAAAAGGCCCAACCCTTTAGTCCCGGTTGGTAACACCAACCCGGACTAAAGGGTGACCCTTTTGTCCCGATTGGTGGCACCAACCCGGACTAAAGGCCCCTCCACGTGATAGTTCAAAAGAAAGTTATTCTATAGTAAGTCACATGTACTACTTAGGTGAGTTGGTAAGGAAACCATGTGTTAGGCAAGAGGTCTTGGGATCGAATCCCGCGGGGTGCAAAAATTATTTTAGCGTCAAGGACATTTGGTCCCGGTTCTGCCACCCGGGACTAAAGCCTCGAGGCTTTTGTCCTGGAAGCCGAGTCCCGGTTCCAAAACCGGATGGCCCGTCTTTTAGTGGCAAGTCATCATTGTCTAGTTGGTGGCTTAATGGCTCAGCTTCCCATACTCAGTAACAGATTAGGACTCGACTGATTAAAAATTAAAATAGTCACTAAAATGTCTAAGAATACATCGTGAGAAGCATGAACAATTAAATTAGCACCTCTAATTAGACACCGGCCTTACATAAGAATTTTGTTGGACCTTTTTATGCAA 3 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR821 0.0001 100 -92.6 ....(((...((((((((((((..(((.((((.(((.(((((..((((((((((((....((((((((((((.(((((((...))))))).))))))))))))...))))))))))))..))).))))).)))).)))..)))))))))))).)))...... (-92.6)