mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCTTCCGTCCCAAAAAT TTGGGGACAGAGGCAGTTCC TTACAGTAAAATACTCCTTCCGTCCCAAAAATCAAGTCATTCTATGATTCAAAATTTGTCCCATAAACCAAGTCATTTTACCCCATTTAAATTGGGACATGTGCATGCAGGAATCAGTTATTGCCAAATATGGCTAATAAATAGGGCGAACAAAGGTCATTTTACCTCCTTGTTCATCTATCATAGAAATTTCTAGAATGACTTTTTTGGGGACAGAGGCAGTTCCCGTATTAT AAAATTAGTTCCAGACCTGTGAGTATAGACTATAGAGCCCAAAGCGCGCCAATATACCCTTTCTTCTATATATTAGTATTGGCATTTAGTGATTTGTATTGATAGACTGTTCATCACAGTATTTTTAGCATATCGACACGGTTTTGGAAAATTTCTTAGTAAAAAGGTGTACCCATGCTTTGTATGACTCATGTTTGTAATCATATAGTGTTTGAAGTGATGCAGTCATGATGATGATGGTTGTATGCAAAATGCAGGAGCTTCCTTGTGTTTTTCAATCAATGAGCTGATGATTAATGATACTTGTTTTACAGTAAAATACTCCTTCCGTCCCAAAAATCAAGTCATTCTATGATTCAAAATTTGTCCCATAAACCAAGTCATTTTACCCCATTTAAATTGGGACATGTGCATGCAGGAATCAGTTATTGCCAAATATGGCTAATAAATAGGGCGAACAAAGGTCATTTTACCTCCTTGTTCATCTATCATAGAAATTTCTAGAATGACTTTTTTGGGGACAGAGGCAGTTCCCGTATTATCACC 5 1 5' arm Panicum_virgatum mirnest 100 tae-MIR1122 0.0007 -57.6 ....((((....(((.((((.(((((..(((..(((((((((..((((((...((.(((((((.............................))))))).))........)))))).(((((((((....)))).)))))(((((..((((((((((......))))..)))))).)))))..((((....))))))))))))).))).))))).)))).))).....)))).. (-57.6)