mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAATAAGTGT ACTTACTTTGGGACGGAGGGA ACTTGGGGCTTCCATGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTTGTTTTAGAAAATTTCAGACACATTACTCATCCTAAGAAATGACTTTCCCCTAATTACTTCTAGCAATTGTGCTTCAAAACCGTGTTATTTATTTGGTTTTCTGGATCCTCAATGAATGCATATACATCGGAACTAGAAAAGTGACATCTGCTAAGTATTTGATTGGCTCTATGCGTTTTCCTGCAATGTTTTCTTTGTACTTGATATTGATTTAACTAGATGGATCTCATTACAAGCTAAAACAACACTTTGTGGGACAAAATTTGAATGCTAAAACCAACACTTACTTTGGGACGGAGGGAGTATGTAGTTACTTTAGG GGAGCTGAACATTACCCAACATGCTGTCTTAAAACATTAACTACCTCTATTCAAATTCTTCTCGTAGTGTGTTGTTTAAACTTGCTTTAAGTAATAATTATTTCTAGCACTGAGTTCTATAGTTGATTCTGTTATAACCCCCATCTGATTACACCCATTTGTAGTTCTTGCCTATACATGTGGTTTGACTTGGGGCTTCCATGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTTGTTTTAGAAAATTTCAGACACATTACTCATCCTAAGAAATGACTTTCCCCTAATTACTTCTAGCAATTGTGCTTCAAAACCGTGTTATTTATTTGGTTTTCTGGATCCTCAATGAATGCATATACATCGGAACTAGAAAAGTGACATCTGCTAAGTATTTGATTGGCTCTATGCGTTTTCCTGCAATGTTTTCTTTGTACTTGATATTGATTTAACTAGATGGATCTCATTACAAGCTAAAACAACACTTTGTGGGACAAAATTTGAATGCTAAAACCAACACTTACTTTGGGACGGAGGGAGTATGTAGTTACTTTAGGGAAAGGTGGTCTTAACCCAAAGTTCAAAATTAACCAACCTTGTTGTATTCTGCTTACATCTGTAACCCAAAATCTCTGTTAGGATATTATTAGCTGAAGTATTTGACATTTCTTTTTAGTTCTGGCAAAAAATTTCAGGTCAGATATGCCAAAAAGTAACTTCTCC 1 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR806 0.0000004 osa-MIR1862c 0.00002 -93.3 ...((((...)))).(((((((((((((((((((.(((((((((((((((.....((((((..((((.((.......)).))))...(.....(((.((((..(((((..(((((((..((((((.((.....)).))))))(((((.(((...(((.((....)).))).))).))))).)))).)))..))))))))).)))...)((.....)).((.((((((((((((((.((((((..(((.(((.((((....)))).))).))).))))))..)))))).....)))))))).))..))))))..)))))).))))))))).))))))))))))))))))).............. (-93.3)