mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGTCTCAAGCTT GCTTGGGGCAGCAACTGCATA CTCAGATTGGTGCAAGGGGTGGTGACCAGCTTGGGGCAGCAACTGCATATCTTGTGAGAAAATTGGGTTTCAGAACATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTATG CAAGAGCAGCAGCAAGGTTGTCGGCAACCCGTGGCACATCCGCTCTGCAAATCGAAGAATTGCATTCCACCTCCGCCTCTTTCTCCAGCAAACTCCTCGCTGTCGCGAGCCGCGGTCGACATCTGTCTCGCCGATTCGCTTCCATCGGCCATCTGTTGCATCGCCTCGCATAGCTCCACGCGGCGCCCATACGCCCCATCGATCTCGTGTTGGTTTCGCCGCCCCGATTTGCTTCCTTAATCCCAACCCCAAGCTCTAGCGAGTCGCGGTGGCTGGCATCGGTGTCCACATCCCTCCAGCGGTGGCCGCGCGGCGCGCGCCGTGCTCTCAGATTGGTGCAAGGGGTGGTGACCAGCTTGGGGCAGCAACTGCATATCTTGTGAGAAAATTGGGTTTCAGAACATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTATGAAGTGCAATAGCAGAATTATGCAATGTAAAGCCATGAAAGTAACAATTTTCTCAACACTGACATGACGGCTCTTTAGCATGAGAAATATTATGATGCATGATGTTTACATAGTATCTTGATCATTAGAGAGAAATGTCATTTTTTTTGTTACCAATCTGGCCTTTGTGTCCTTTTTGCAATATGGACGCTACCTAGCTAGGTTTTAAATTATGTACTCAGGAAAATGTATTTAGGTTGGTTAGCTGGTATGCACATTTGGGTAGTGCCGCAATTACTGGCATATCAGCTCAAGAACATAACAAGTCATAAACAGGGTGAGTATA 1 0 3' arm Avena_barbata mirnest MIR444 5e-41 osa-MIR444b 1e-35 -65.9 .......((((((((((((.((((...((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((..........)))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))))...)))).))))))))....)))).. (-65.9)