mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCAAAAAG TTTTGGGACGGAGGAAGTATG TCGATCTGACAGCGTGATGGTTGTACTGTACTCCCTCCGTCCCAAAAAGATCGTTGTTCTTTGACTCTTAAAAATTGTGTTTGACTACTCGTCTAATTCAACTTTTTTTTTACAAATATTATCACTTTTGTTATGACTTATTACATCACTAATGATATTTTAATAATATTTTATTTGTCTTATAATATATATAAAATATTTGAATAAGACGAGCGGTCAAACGCAATTTCTAAGAGTCAAAGAACAACGGTTTTTTTGGGACGGAGGAAGTATGCTACTAGTACTCTGCACCGGACGAA ATTCATGCAACTCTGATCTCTTACGTACAATTCAATATCGCACAAATCCCAATGCGACAGTATAATGCATCATATCATACAAACTCTGTAAAAACACACACGCACACATGCAGTGGTGGCGCCTAGCATCGATCTGACAGCGTGATGGTTGTACTGTACTCCCTCCGTCCCAAAAAGATCGTTGTTCTTTGACTCTTAAAAATTGTGTTTGACTACTCGTCTAATTCAACTTTTTTTTTACAAATATTATCACTTTTGTTATGACTTATTACATCACTAATGATATTTTAATAATATTTTATTTGTCTTATAATATATATAAAATATTTGAATAAGACGAGCGGTCAAACGCAATTTCTAAGAGTCAAAGAACAACGGTTTTTTTGGGACGGAGGAAGTATGCTACTAGTACTCTGCACCGGACGAACACGAACAGAAGTCTGTACTGGAACGGGGGATCGATCGTCCAGCCTAGCGCCTCTCCCTCGGGAAGCCCAGGAGCGCCAGGATGAGCGCGATGAAGCTGCCGTTGATGAGGCCCCTCAGGATCTTCTGCTTCTCCGTCGTGTAGGGCGGGTACCTCGCCGCCGCCTCGCCGCCGAAGCCGCGGACCAGACCGCCTTCTTGTGGCTGAAGCAGTCGAAGCTGAACTTGCCGTGGTAGCTGCCTGTCCCGCTGTCGCCCACGCCGCCGAAGGGCAGTACGGGTTCGTGAGATGCAGCGCGACGTCGTTCACGAGCATCCCTCCGCGGGACGTTCGCCACAAAGGCTGCTGCAGCTTCTT 1 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.000005 tae-MIR1122 0.001 -117.9 (((.((((.(((.(((.((((.((...(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.(((((((.((((((...((...(((.(((((((((......(((.(((...))).)))......)))))))))))).))((((((((.(((........))).)))))))).)))))).))))))).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).)))).))).)))...))))))). (-117.9)