mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGTCTCGGCTCACTCAGA GGGATGAAATAGTAGCTATGATGTTGTCTCGGCTCACTCAGAGACCACGGGGTGGTGTGATGCCCGCGAGATCTCTGGTGCTTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCTTAGTACTCTTTCATACG TGTTCTCCTCTTCTCTTCTCCGGCTACTCCCTTCGCTGTTCCTCTGTTCTGCATGGCCATGGCAAATTGGCATGTGTGTGCTCCTACTTTCCATCACCACTCTCTGCAGGCCTGCAAAAGGAAAGGAGGGGATGAAATAGTAGCTATGATGTTGTCTCGGCTCACTCAGAGACCACGGGGTGGTGTGATGCCCGCGAGATCTCTGGTGCTTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCTTAGTACTCTTTCATACGTAGATTCGGTCGCACTCTCAACAATCTGGGTTCCTTTTCTTCTTCTTCACTTGAGATCTTGTTGAGGTATGTGCGACTATATGTATATGCAGACTGTATATACTTGTAAAATGTGAGCATTATTCATATGCTAGCGCCTAGCGCTTATGCCTGCCTTCCATTCGGGGAGCAGTTTTTACCTAGTATAGTGTTTGAAAAAATCCGTGTTGCAACGTAGTACTAGTTGATTACTTGTCCATGCATCATCGTCCTATATATGTTCATGCCTGCATTTCTGGGCACTTGAAACGAACATACAAATCACGTT 4 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR171_1 0.000000000002 zma-MIR171e 0.0000000000004 -47.5 ...((((((.((((.(((.(((((((...(((((((.((((((((((.(((((..((((.....))))..)))))))))..)))))).)))))))...))))))).))))))).))))))... (-47.5)