mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTGCGAGGAGCCAAGCATG TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA CTAGGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCGCGTAGCTGCCAGCCAGCCCAGTCGAGCTCCCCCAGGATTAGCTGTGGGCGTGTACTACGTTGCTGGCTCTACTGCGGATGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATGACCTGAT AGAGCTCCTCCTAGTCCCAGCTCATCTCGATCAGCAAGCAAGCATCCATCCGTTATATTCTTCTGTCTGTTTCGTCCGTGCATTGCATTGTCCTTTCTAGCCCCCATCATCAACCTCCCTTCTAACCTTCCTCCTCTGGGCATGTGTTGGGAAGCAGCAGCAGGAGGTCGGAAAGAGGTGAAAAGCTAGGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCGCGTAGCTGCCAGCCAGCCCAGTCGAGCTCCCCCAGGATTAGCTGTGGGCGTGTACTACGTTGCTGGCTCTACTGCGGATGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATGACCTGATCATCTCTCTGTCTCTCTCGATCTTTTCTCTCCCTCTCCCCTGTGCGTGTATTTTTGTGGTTTAAAGAGTTCTTGTCTTAATATAACTGTTGTTTTTGTTTGCTGACTAATTAAGCTGTCAACATTTGAGGTCAATGTCGTTATATTGACCTGGCTGCTGGCCTATATTATTGATGATGATCTTATTTCTTAATTTTTATAAATTGTATTGTTTGTCGTCAGCTTCTTTTTTTTGTACCAGTTGCTGCCTGGTGTAGGTATCTGCGATGCAGAACCGCAGATGCTCTTGGGGCTTCACCATCCGTCATCATTTAATCACAGTGCACAAGGACGACGACCCTGGTACGATGAGCGCCAAGCTAGCAATGGCAACTGCCTGGATTATTGCTAGTCTCACTACTGCATGGAAAATATATACCATGTATATTTGTCATGGAATTATGGTA 2 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest mir-160 0.00000000000004 osa-MIR160d 8e-18 -66.9 ....(((.(((((.(((((((.(((((((((.((((((((..((((((.(((..(((...((.(((.(((......))).))).))..)))..))))))))).)))).)))).))))))))).))))))).))))).)))... (-66.9)