mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGTTCAAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC AGAAGAGATATGAAGCTATTCGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTGCCTGTGATTTGAGGATGGAGATCTCGTGTAGTTTTCCATTCCTCGAATCTGCGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGATATAGCTTCAAAAGATGTCGATC GAAAGAAAGGGAAAACGGGAAGAAGAGAGAGGCCCCGGAGAGGGAGACCTGAGAGGGATGGGGGAAGAAGAGATATGAAGCTATTCGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTGCCTGTGATTTGAGGATGGAGATCTCGTGTAGTTTTCCATTCCTCGAATCTGCGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGATATAGCTTCAAAAGATGTCGATCCGGTGCCCGGGGGACAGTTCTAGATTTGTTCTTGTTCTTGGGTTTTTGATATATTTGTTTGCGAGGTTTTGTTCATGAGATTCCTGGTTGTGTTCTTGGTGTGGAGTACGTACAGTTACTTCCTCTCGCTCCCGGATCTTATCTCGAACTTCACTGTGCCTTTTCTTTTCTTTTTTGCTTGCTGCGAACCCGAGGAGTAGCAAGATTGGTGTAATCATGGCCTGAGCTTCGACTTCTCTTTCCTCTGTGCATCTCTGACAGGTGCTGAAAGTTTCCATCATTACCTTTTGATTGGGGAGAATCGAATCTTTACTTCCTCTCTCCTCTCTCCAGTTTCTCTCTCTTTTGCTTCTCTGATTCCGATTATTATTCTTCTCGGTTCTCCGGATCTCTATGCACGCATGGATTGCTATGTATGGGTGTTCACAATCACAAAGTTTTCGAGAACAAGTTATTCACGAAGATGCTACTGGTTGTAGATTTTGTATGTATCGATCTGACTATTCTTTGCTAGGTTTGATGGTGGTTTTCTCGTGCTC 3 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest mir-166 0.0000000000002 bdi-MIR166c 1e-17 -73.1 ....((.((.(((((((((.....((((((.((((((..(((((((((.(((((((((....((((((((((((((((.((.....)).)))))).)))))))))).))))))))).)))))))))..)))))).)))))).)))))))))....)).)).... (-73.1)