mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTTGTCCCGGTTGGTGGCT GTACCAACCCGGACAAAAGGT GGGGGGACAGGGGCCTTTTGTCCTGGTTGGAGGTACCAACCCGGACAAAAGGTCCCCCTTTTGTCCCGGTTGGTGGCTCCACCCGGGACAAAAGGCCCAACCCTTTT AATAATTTTATCTATTACTAAATTTTTTAACACTGGAAAACCCTCGTTTTACCACTTTTTTCATTGTTACATACCAAACATTCTTACTGCTCCTTTATGGGGACAGTTAGAGGATATGGGATAGACAATGTTTCCAAACAATTAATTTGGCTATTATTCTGGTACAACTCTTATTTTTTAAGGTGCCAAATAAGCTGGTGTTGTTTTCCATCTAGAGTCATCTCTGTTTTATCACTACTACAGAATAGGCCTTTGTTCCAGGCCATTTGTCACGGTTGCCTTTGGCCCTGGGACAATAGGTGGCTTTTGTTCCGGGTCCAAAGGCTAGCCGGGCCAGCGGGGGGACAGGGGCCTTTTGTCCTGGTTGGAGGTACCAACCCGGACAAAAGGTCCCCCTTTTGTCCCGGTTGGTGGCTCCACCCGGGACAAAAGGCCCAACCCTTTTATCCCTGTTGGTAACACCAACCGGGACAAAAGGGTACCAACCCGGACAAAAGGCCCCTCTACGTGTTAGTTCAAAAGAGAGTTATTCTTTACTGAGTCACATGTACTACTTAGGTGAGTTGGCAAGGAAGCCATACGCTAGGCAATAGGTCTTGGTTCGAATCCCGCAGGCGTAAAGATTTTTAGCGCGAGGGACATTTTGTCCCGGTTCTACCACCCGGGCTTTTGTCCCGGCGCCGAATCCCGGTTCCAAACCGGGACAAATAGCCCTTTGGAACTGGACAAATGGCCCGATCTGTAGTA 2 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 100 -71.1 (((((.....((((((((((((((((.(((((.((((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))).))))).))))))))))))))))..))))).. (-71.1)